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COVID-19之我見(7)-從數據到對策

作者:老地雷  於 2020-2-17 16:39 發表於 最熱鬧的華人社交網路--貝殼村

作者分類:熱點雜談|通用分類:熱點雜談

關鍵詞:COVID

COVID-19之我見(7)-從數據到對策

 

美國老地雷

2/16/2020於美國)

 

聲明:本人發表的任何東西只代表我自己的觀點,不代表任何政府機構。大家有糾結的問題,仍然諮詢你們當地的衛生部門或訪問美國CDC網頁。此文無需經過我的同意可以轉發,但請勿篡改我文中的內容並請註明我撰文的日期並署名作者。如果讀者發現我的文章中有很大的錯誤,歡迎用悄悄話的方式跟我討論。謝謝。

 

關於病毒的來源,到今天為止以我對病毒學家發布的信息的理解和我自己作為流行病學工作者的分析,我覺得The origin of virus was most likely laboratory associated. 具體是實驗室管理不善導致的病毒外泄是通過動物呢還是人呢有待於調查,但諸多病毒學家所說的P shuttle 不會在自然界的病毒中出現,這一點我很相信。既然相信了這一點,那病毒的來源與實驗室相關也變成most likely了。除非有科學家證明華南海鮮市場環境樣本中分離出來的病毒基因序列和人體以及穿山甲中病毒的序列相似度達到99%以上。不利用華南市場環境樣本的病毒基因排序來做出的結論即華南海鮮市場的野生動物是這場暴發的源頭是不令人信服的。從事Bioinformatics的專業人員不妨比較下面的毒株02(環境樣本)和毒株01(人體樣本)的基因排序。我不是專業人士,不然我自己去比較了。好奇怪啊!到今天我就沒看到一篇用環境樣本分離出的冠狀病毒的基因排序寫的報告和文章,太奇怪了!

 


 

202022日,我以我17年的工作經驗在我的微信朋友圈作了一個大膽的預測,說了三點:

1)                 看湖北的數據來總結新冠狀病毒不準確,一定要看其他地區的和海外的數據;

2)                 首例一定在12月前;

3)                 2/10-2/15之間會看到新增病例數下降,R0小於1了,疫情就會得到控制。

 

好,寫此文時是216日(中國時間2/17),我花了點時間看了一下江蘇省的每日疫情公布,評估一下自己的三個預測吻合度如何?當然第二個預測,我前面寫過幾篇文章,文章45都提到了零號病例的問題,有興趣的朋友請在本文下方點擊鏈接。

 

我根據江蘇每日的文字報表列成表格再進行了一些簡單分析。下面是根據江蘇省的日報表我自己作的一張Epidemic Curve (流行曲線圖),不難看出由於嚴格的控制措施,每日新增病例逐漸減少,希望這樣的趨勢繼續,繼續,再繼續。。。


看到江蘇省的數字,我先要向全體江蘇的疾控人員和醫護人員致敬!江蘇人民有你們值得驕傲!

 

我來試圖總結一下江蘇的數字:

 

122日的第一例輸入病例至217日,江蘇共有626確診病例,其中10例重症和危重病例,占1.6%,無死亡(0%)。36%的病例已經出院。疾控調查追蹤發現了12373名密切接觸者,即每個病例平均有20個密切接觸者,76%的密切接觸者已經結束醫學觀察(Quarantine),24%還在醫學觀察中。在122日到24日報告的308例中,有76例來自密切觀察者(占25%)。這76例是從4584個密切觀察者(1/22-2/3)發現的,所以比例是1.66%(這在我們專業上稱為Secondary Attack Rate. 24日以後的報表中不含這樣的信息所以無法計算。這個數字比我想象得要低,但是因為這個是廣義的密切接觸者,我不知道裡面的分類(家人,同事,同學等)。我猜以後會有具體分析出台。大概計算了一下,江蘇目前的發病率是每10萬人中不到一例(~0.78)。而湖北的發病率要高出去120多倍。這也可以看出湖北省需要外援,因為湖北遠遠超出了它的surge capacity.

 

為什麼我要用江蘇的數據?因為我想預測一下美國的情況。當然一個是省,一個是國家,可比度不高,但我覺得江蘇的教學科研水平,還有整體醫療和疾控水平在全中國是名列前茅的,所以借鑒一下江蘇的數據再來預測一下美國的情況也未嘗不可。

 

再看看世界衛生組織(WHO)的報表(除中國外)。截止217日,共683病例來自15個國家。其中24人是無癥狀的,占3.5%。下面有二張流行曲線圖,第一張是根據208例的發病日期和旅行史的分布圖。除了有湖北旅遊史外,無旅遊的粉紅色比例很大,這不難看出和病人接觸也是主要的發病危險因素之一。

 


第二張是根據683例的報告日期和旅行史的分布圖。除了有湖北旅遊史外,無旅遊的粉紅色外,藍色(international conveyance)比例占很大,估計是指郵輪上的暴發。比較這兩張圖可以看出從發病到最後的統計上報相差約15天,二周左右。

 


 

那麼郵輪上的情況如何呢?根據這條消息,https://www.theguardian.com/world/2020/feb/16/coronavirus-70-more-cases-on-japan-cruise-ship-as-china-infections-pass-68000 截止2/15 23:42 EST日本共檢測鑽石公主號上1219(檢測比例33%),陽性355 29%),無癥狀者73占所有陽性者20.6% 比例之高讓我驚訝。每5個陽性中,1人無癥狀。換句話說,無癥狀感染者比例是6%73/1219)。這究竟是檢測的準確度問題(比如假陽性)還是真得有那麼多不發病的病毒攜帶者?目前還不知道。WHO的無癥狀感染者占病例數的3.5%,鑽石公主號郵輪上卻占20%。也許郵輪這個特殊的setting加速了人到人之間的傳播?

 

 

美國情況如何呢?

 

目前美國總共調查了疑似病例(Persons under investigation, PUI)共443人,分佈在42個州,檢測了362人,陽性(即病例)15人,分佈在7個州,陽性率4.1%81人待測。

 

假設WHO的數字更能反應實際情況,即3.5%的病毒攜帶者不發病,那麼美國CDC主任Dr. Robert Redfield的陳述就很客觀了,此病毒也許就會在我們中間留存下來了,隨便我們怎麼想辦法也不會完全控制,也許今年一直有,也許明年還會有,因為它一直在人際中傳播。當然天氣轉熱會對病毒在體外的存活能力有一定的影響,但是人到人通過飛沫,通過接觸傳播,關鍵是一定比例的無癥狀的攜帶者的存在,控制消滅有一定的難度。所以我猜也許哪天你會說「我感染了二傻子病毒」。因為WHO命名此病毒為SARS-CoV-2我不喜歡我就把它叫成「二傻子」病毒(傻子是SARS的諧音,2指第二個SARS病毒)。我喜歡的命名是Wuhan-CoV(病毒),然後命名此病毒產生的疾病是Wuhan Virus Associated Pneumonia (WVAP, 讀成WVAP,簡單,明了),不過WHO命名,我這個小羅羅兵也沒發言權,也只能在這裡哼唧兩下。COVID-19也行,就是沒有啥紀念意義。可是如果是命名為Wuhan-CoV,後人們就知道此病毒的發源地,暴發時間,也記得Wuhan Lockdown. 總之會給後人學習此病毒和疾病帶來很多方便。

 

跑題了,回正道!如果我們覺得江蘇的疫情數字比較準確地反映此病毒的本身,那我覺得我們會在美國看到更多的病例,但不必那麼慌張,是不是?但如果鑽石公主號的無癥狀感染率在6%,這就比較頭疼了。但願不會!如果是真的,那真正準確的病死率來衡量此病毒的毒性真是關鍵了。現在病死率的數字變化太大,不知道哪個更准?截止2/17,中國的官方病死率約2.5%1772/70635),WHO的報表病死率是0.44%3/683),江蘇的是0病死率(0/626),如果病死率跟流感一樣(0.02%0.2% depending on seasons),那最後我猜美國對付COVID也只能效仿對付季節流感那樣了?也許要多加一點,就是萬一有確診病例,追蹤密切接觸者(估計主要著重於家庭密切接觸者),對這些密切接觸者採取quarantine,但也許不會要14天?不然還能怎麼辦?

 

這只是我的一點預測。

 

 

最後祝大家保持冷靜並記住WUHANF來保持你的健康和你周圍人的健康,以防止此病毒在海外蔓延。

 

Wash your hands often  (勤洗手)

Use masks properly and when necessary  (當需要時正確戴口罩)

Have your temperature checked for fever(用體溫計測體溫)

Avoid large crowds and stay home if you』re sick  (生病了呆在家不要去擁擠的公共場所)

Never touch your face with unclean hands (千萬不要用的臟手碰你的臉)

Follow the recommendations and/or orders from your health authorities if you recently returned from China (20020202起從中國入境美國的所有人聽從你們地區衛生部門的建議和命令)

 

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關於我畢業於中國某醫學院公共衛生專業,1997年來美國留學2001年獲科學博士學位,從2002年起「戰鬥」在美國某地區的Health Department,任職Sr. Epidemiologist (高級流行病學工作者)和流行病部門經理。去年光榮退休。「專家」談不上,但是通過工作在美國第一線的17年中積累了不少經驗,也學到了書本上學不到的知識。曾參與或領導了大幾百個大大小小的傳染病爆發,涉及的傳染病有很多種,從空氣傳染的麻疹肺結核到呼吸道傳染的百日咳和流感,從食物傳播的甲肝和沙門氏菌腸道炎到蚊子傳播的西尼羅河和塞卡,從環境傳播或人到人傳播的Norovirus到水傳播在高爾夫球場的寄生蟲疾病。也曾為地區0病例的薩斯(SARS),中東病毒(MERS),埃博拉EBOLA)忙得不可開交。我也曾經和美國聯邦CDC的專家並肩合作調查疾病爆發並發表文章,也曾和其他州的專家一起電話會議為一個傳染病的暴發共同尋找傳染源。曾經因為作為第一作者報道了一例特殊的超級細菌病例獲得了全球的關注,那篇文章獲得了當年美國CDC最受關注的文章第一名,獲得全世界排名top 100 (分母數是2.2 million). 那年被來自好幾個國家的幾十家媒體採訪,其中也包括美國主流媒體NBC NewsCNNSTAT News).  傳染病流行病現在已非我的工作,因為我退休了,但那是我的passions 之一。

 

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