新冠疫情之我見（4）－病毒源頭和零號病例

新冠疫情之我見（4）－病毒源頭和零號病例

美國老地雷

（2/7/2020於美國）

首先，為李文亮醫師的去世默哀三分鐘，RIP.  

重申：本人發表的任何東西只代表我自己的觀點，不代表任何政府機構。大家有糾結的問題，仍然諮詢你們當地的衛生部門或訪問美國CDC網頁。此文無需經過我的同意可以轉發，但請勿篡改我文中的內容並請註明我撰文的日期。如果讀者發現我的文章中有很大的錯誤，歡迎用悄悄話的方式跟我討論。謝謝。

1.    病毒溯源

昨天臨睡了，看到一則官方的新聞，華南農大和其他幾所大學聯合研究發布最新成果，指出穿山甲為新冠狀病毒的潛在中間宿主。這事兒比較大，為了證實不是偽新聞，特意問了姑姑，看到新華社也發布了，這消息錯不了。於是就開始閱讀由jiemian.com發布的這則新聞。

文中重點有這幾個：

1）穿山甲分離的病毒株和目前感染人的毒株序列相似度高達99%（嗯，這個數字夠高）；

2）通過分子生物學檢測，70%穿山甲帶b冠狀病毒（嗯，正是這該死的病毒！）；3）分析了1000多份宏基因組樣本（嗯，這個樣本量也不錯）。

一邊讀一邊想，接下去，流調人員應該去諮詢那些跟華南海鮮市場有直接關聯的人，問問他們有否和穿山甲（不是穿馬甲哈）有任何關係（出售，購買，轉賣，食用等等），我想起了一句英文成語，Shooting the fish in a barrel (意思是在小木桶里釣魚，一釣一個準啊)。

一邊讀又一邊想，再比較一下穿山甲病毒和華南海鮮市場環境採樣分離出的病毒相似度這溯源的工作就齊活了呀，這麼快！。用科學數據來闢謠，這是給造謠者最響亮的耳光。可是我讀著讀著，快到最後結尾了，看到這麼一段，見圖。

我記得讀過中國疾控中心發表的報告，他們在1月22日已經把環境樣本中的病毒排序做好了並上傳到資料庫。疾控人員採樣了500+個樣本（好像582？），33個陽性，大多數陽性樣本來自華南市場的西區，那裡是野生動物交易場所。我記得還有一個陽性樣本來自華南市場的垃圾車。怎麼叫市場已經消毒，追溯比較難？分析比較一下不可以嗎？沈教授還說，穿山甲只是潛在的中間宿主一種，中間宿主可能有多種野生動物，後期研究會繼續關注。嗯，我會關注！

最近老是聽到基因序列這個詞，我不知道大眾中究竟有多少人懂這個序列在流行病學調查中的作用。是病毒學家也不是做實驗的專家，我是一個從事流行病工作的普通人。在基因排序方面也是一個外行。不過，我想下面做一個簡單比喻來幫助大家理解這個基因排序和在流行病學上的運用。

讓我們一起想象並做個假設，在你面前有五本書（A，B，C，D，E）。是由一頁一頁有封面有目錄有25個章節大約有29000個字組成的一本書，每章約有1100多個字。基因排序就等於把這五本書分別放到五個Shredder裡面先打碎，然後把紙片拿出來，用高科技把它們分別排好，有目錄，有章節，有每句話，有正確的標點符號，每句話由每個單片語成。每句話的意思很make a sense，讓讀者讀得懂。重新組織好后，然後把這五本書擺在一起做一個比較。比如說

A – 代表最開始在武漢病人的病毒

B – 代表最近在美國發病的病人的病毒。

C－代表蝙蝠身上的冠狀病毒。

D – 代表穿山甲身上的冠狀病毒。

E－代表華南海鮮市場環境樣本分離出的病毒。

比較有這麼幾種情況：

目前發表的文章證明了書A和書B幾乎一樣，也許就是某一個章節某一句話幾個單詞（7-8個單詞）不同，但其他的完全一樣，這兩本書就是來自同一個作者。在流行病學上我們比較肯定地說，這個病毒還是那個病毒，目前沒有變異。至於A1和以後的An或者和以後的Bn有否變化，那就要不斷檢測分析了。

書A和C比較呢，相似度結果是96.2%。這相當於書A和書C看上去差不多，厚度，頁數，章節都一樣。誰知當你讀到有一個章節卻完全不同，英文突然變成義大利語，你看不懂呢。這兩本書是不是來自同一個作者呢？不確定了。Certainty大大地下降。

書A和書D比較呢，相似度99%（根據華南農大2月7日新聞發布）。這相當於兩本書差不多，只是在某個章節的1100多個字中，有200多個字不同，對於讀者來說理解這本書的意思沒有多大影響。那這兩本書是不是來自同一個作者呢？可能性比較大。

可是到現在沒有看到跟書E比較的結論。華南農大可以做一下D和E的比較嗎？如果相似度也達99%以上甚至99.9%或者100%，那穿山甲就是下一個調查目標。如果所有有華南市場接觸史的病例都有直接或間接地接觸過穿山甲，那穿山甲就是本次疫情的culprit.至於穿山甲從何而來，如何變為新冠的中間宿主，這又要花時間了。

我喜歡實驗室研究人員和做現場流行病調查人員在一起工作，不是你做你的，我做我的。集思廣益，取長補短，團隊合作，利用數據互相服務對方，查到源頭並能真正地控制，為人類健康謀福，那樣的滋味才是真正地爽！那一刻，我會在心裡說「我確實是在為人民服務」！（我發誓，我在工作的時候真是這麼想的，因為我們單位有一個優質團隊，Outbreak Response Team。）

疾病暴發的病原體的來源無非來自三種渠道，Natural, accidental, and intentional. 第一種占絕大多數，但是第二第三種歷史上就有過，就不舉例了。說實話，華南農大發布的穿山甲可能為潛在的中間宿主這一消息還挺讓我高興的。可是分析得還不夠到位。期待科學家們更多的分析，再挖深一點。華南海鮮市場的數據在，樣本在，基因序列在，即使現在消毒了也沒關係啊，證據已經收集了呀，是不是？

還有一件事我想和大家分享。八十年代我在國內曾經做過幾年毒理研究工作者，整天和大白鼠小白鼠兔子打交道做實驗，我老實交待，我們經常吃做完實驗的大白鼠，當然是對照組（沒有接觸過任何有害物質）的大白鼠啊，肉很細嫩鮮美。那時候實驗室沒有規定我們自己就這麼做了，也沒人管。來美國后才知道自己的舉動有多麼地荒唐和殘忍。我相信現在21世紀的實驗室應該十分規範化地管理了吧。

2.    零號病例

Index Case 零號病例指第一個出現的病例。調查零號病例需要資深的流行病學家，不僅要根據設計的表格問問題，更重要的是打開所有思路，大挖腦洞跟這個病人交談以便找出以前想不到的原因。在我的系列文中第二篇中已經指出，根據發表的數據和假設，零號病例一定出現在12月1日前。1月24日在柳葉刀發表的文章，第一例的發病日期是12/1，這個病例是確診的，因為作者用的數據是包括了實驗室確診病例.而這一例在1月29日發表在新英格蘭醫學雜誌上的文章消失了沒包含。以個人淺見，流行病調查的回顧性病例閱讀應該再往前挪2-3個月，至少也得1個月。當然這是一個苦差事花時間花勞力。但是如果這事發生在美國，我們一定會往前推。直到確定前1-2個潛伏期沒有一例才可以斷定第一例在12月。萬一有病例，那些（個）人才是重要調查的對象。再說，按照1月24日柳葉刀上發表的文章，12月1日發病的病例和華南海鮮市場沒有關係，這種發現更得要好好調查了。時間往前推推吧，如果零號病例跟華南海鮮市場沒關係，那麼這問題比較大了。此處不敢多想了，流行病學調查和上面病毒源頭調查必需要結合起來做。必要時，law enforcement需要介入。

目前階段還是控制疫情減少死亡減少感染比什麼都重要。我上面說的也許中國的疾控專家正在做著的。我沒事幹也就這麼一說，一邊說一邊記錄自己的thought process，也是一個學習的過程。

我又想，等疫情結束后，這個2019-nCoV可以當做所有醫科大學公共衛生專業現場流調的一個很好的Case Study.  這樣的案例真是一個好得不能再好的教材了。所以記錄現在的一切也很值得。

最後祝大家保持冷靜並記住WUHANF來保持你的健康和你周圍人的健康，以防止此病毒在海外蔓延。這次多了一個F請大家留意，F很重要，很重要，很重要！在此一併感謝那些在2月2日前進入美國並自覺在家隔離14天的華人同胞，你們辛苦了，受累了，作為前政府工作人員，深深鞠躬！

Wash your hands often  (勤洗手)

Use masks properly and when necessary  （當需要時正確戴口罩）

Have your temperature checked for fever（用體溫計測體溫）

Avoid large crowds and stay home if you』re sick  （生病了呆在家不要去擁擠的公共場所）

Never touch your face with unclean hands （千萬不要用的臟手碰你的臉）

Follow the recommendations and/or orders from your health authorities if you recently returned from China (20020202起從中國入境美國的所有人聽從你們地區衛生部門的建議和命令)

相關文章鏈接：

1.    業內人士談談武漢新冠狀病毒之1

2.    業內人士談談武漢新冠狀病毒之2

3.    武漢新冠狀病毒之我見3

關於我：畢業於中國某醫學院公共衛生專業，1997年來美國留學2001年獲科學博士學位，從2002年起「戰鬥」在美國某地區的Health Department，任職Sr. Epidemiologist (高級流行病學工作者)和流行病部門經理。去年光榮退休。「專家」談不上，但是通過工作在美國第一線的17年中積累了不少經驗，也學到了書本上學不到的知識。曾參與或領導了大幾百個大大小小的傳染病爆發，涉及的傳染病有很多種，從空氣傳染的麻疹肺結核到呼吸道傳染的百日咳和流感，從食物傳播的甲肝和沙門氏菌腸道炎到蚊子傳播的西尼羅河和塞卡，從環境傳播或人到人傳播的Norovirus到水傳播在高爾夫球場的寄生蟲疾病。也曾為地區0病例的薩斯（SARS），中東病毒（MERS），埃博拉（EBOLA）忙得不可開交。我也曾經和美國聯邦CDC的專家並肩合作調查疾病爆發並發表文章，也曾和其他州的專家一起電話會議為一個傳染病的暴發共同尋找傳染源。曾經因為作為第一作者報道了一例特殊的超級細菌病例獲得了全球的關注，那篇文章獲得了當年美國CDC最受關注的文章第一名，獲得全世界排名top 100 (分母數是2.2 million). 那年被來自好幾個國家的幾十家媒體採訪，其中也包括美國主流媒體NBC News，CNN，STAT News).  傳染病流行病現在已非我的工作，因為我退休了，但那是我的passions 之一。

• [10/23]我的翻唱《水妖》
• [01/01]《鈴兒響叮噹》送2019，迎2020！
• [01/29]武漢新冠狀病毒之我見（1）－政府報告讀後感
• [01/31]武漢新冠病毒之我見（2）－首例出現在12月前
• [02/02]武漢新冠狀病毒之我見（3）－海外華人的風險評估
• [02/08] 新冠疫情之我見（4）－病毒源頭和零號病例
• [02/12]NCP之我見（5）－我多麼希望是穿山甲啊！
• [02/13]NCP之我見（6）－失望！
• [02/17]COVID-19之我見（7）－從數據到對策
• [02/26]COVID－19之我見（8）－為什麼不要濫用檢測手段？
• [02/29]COVID－19之我見（9）－自問自答
• [03/07]COVID-19之我見（10）－數據背後的故事
• [04/01]COVID-19（11）－ 我錯過了世紀大戰？

• 查看：[老地雷的.最新博文]
• 查看：[大家的.最新博文]
• 查看：[大家的.熱點雜談]