在通俗小說中,核潛艇這種軍用艦隻一直為人津津樂道。從電影《獵殺紅色十月號》(The Hunt for Red October)到電視系列長劇《地球危機》(Voyage to the Bottom of the Sea),核潛艇都被描繪為地緣政治角力中的一種令人畏懼的工具,在黑暗的深海靜默前進,進行神秘、危險的任務。
這是一個一絲不苟的作業流程。首先,退役潛艇被拖移至一個安全的卸除燃料船塢。核反應堆室內的液體在此被全部抽出,露出其核廢料組件。各組件隨後被拆除,置於核廢料桶內,裝上安全車,運往廢料處理廠作為長期廢料存儲。在美國,這些廢料由龐大的愛達荷國家實驗室的海軍核反應堆設施(Naval Reactor Facility)處理。在俄羅斯,西伯利亞的馬雅克鈈生產及再處理廠(Mayak plutonium production and reprocessing plant)是核廢料的最終目的地。
若干環保團體也對美國存儲核廢料的做法表示擔憂。自世界第一艘核潛艇—鸚鵡螺號核動力潛艇(USS Nautilus)在1953年問世以來,愛達荷國家實驗室就一直是所有美國海軍高級別乏燃料的最終處理場所。「鸚鵡螺號核動力潛艇原型是在愛達荷國家實驗室進行試驗的,此後,海軍核潛艇的所有廢棄乏燃料都在此做最終處理。這些廢棄乏燃料存儲在蛇河蓄水層(Snake River Aquifer)的上游,而蛇河是北美大陸第二大綜合地下水體。」環保遊說團體蛇河聯盟(Snake River Alliance)的碧爾翠絲·布雷斯福德(Beatrice Brailsford)如是表示。
為保證報廢核潛艇的安全,必須長期採取費用高昂的措施加以控制,但這似乎並未打消軍方規劃者建造更多核潛艇的念頭。「對美國而言,沒有跡象表明海軍認為核潛艇並不那麼成功。他們仍然會建造大型潛艇來予以替代。」憂思科學家聯盟(Union of Concerned Scientists)核政策分析師埃德溫·萊曼(Edwin Lyman)如是表示。憂思科學家聯盟是馬薩諸塞州劍橋的一個核安全壓力團體。