她1978年出席全國科技大會獲全國科技大會獎;1979年獲國家發明獎;1982年出席全國技術獎勵大會,領取發明獎章和證書。雙氫青蒿素成果1992年獲中醫藥管理局科技進步一等獎;1992年度「全國十大科技成就獎」及1997年「新中國十大衛生成就」之一。屠呦呦個人1984年被國家第一批授予「中青年有突出貢獻專家」,1990年第一批享受政府特殊津貼;1992年由中國中醫研究院授予最高榮譽獎和終身研究員稱號;1994年被中央國家機關授予「十傑婦女」稱號;1995年出席全國勞動模範和先進工作者表彰大會,由國務院授予「全國先進工作者」稱號,同年以「中國政府代表團」代表的身份出席「第四屆世界婦女大會」並再次出席全國科學技術大會。2004年獲泰國瑪希頓皇家醫學貢獻獎(Prince Mahidol Award)。2011年拉斯克-狄貝基臨床醫學研究獎(Lasker DeBakey Clinical Medical Research Award)。