達爾文本人對此也相當困惑。在他的著名的《物種起源》(Origin of Species)一書的第六章〈理論的難題〉(Difficulties of the Theory)的「極其完美和複雜的器官」 (Organs of Extreme Perfection and Complication)這一節中,他直言不諱地寫到,「眼睛有調節焦距、允許不同採光量和糾正球面象差和色差的無與倫比的設計。我坦白地承認,認為眼睛是通過自然選擇而形成的假說似乎是最荒謬可笑的。」(To suppose that the eye with all its inimitable contrivances for adjusting the focus to different distances, for admitting different amounts of light, and for the correction of spherical and chromatic aberration, could have been formed by natural selection, seems, I freely confess, absurd in the highest degree.)
基於這種理論上的困難和中間型物種的缺乏,全力支持達爾文的赫胥黎(Thomas H. Huxley)曾私下多次勸告達爾文接受跳躍式的進化觀點,並警告說,「你這樣毫無保留地接受自然界絕無大躍進的觀點,使你陷入不必要的困難之中」1。但按達爾文的看法,大躍進(或大突變)進化,如眼睛的突然形成,就等於是一個神跡。而達爾文深知,他的學說最具吸引力、最獨到的地方乃是比較科學化、拒絕一切科學無法解釋的超然主義,用純自然的觀點解釋生物的起源;他只有用漸進、微小的變化來解釋複雜的大變化,才能持守他這種徹底的唯物主義立場。他明確地說:「如果有人能證明,任何現有的複雜器官,不可能是從無數連續的、微小的突變而來,我的學說就得完全瓦解了」2。他給他的朋友、著名地質學家賴爾(Charles Lyell)的信中對跳躍式進化的觀點持嚴厲批評的態度,「如果我的自然選擇理論必須借重這種突然進化的過程才能說得通,我將棄之為糞土。……如果在任何一個步驟中,需要加上神奇的進步,那自然選擇理論就不值分文了」3。
十八世紀末期,哈頓(James Hutton)出版的《地球概論》(Theory of the Earth)一書標誌著近代地質學的開端。哈頓在該書中系統地闡述了「自然劃一原則」(The Principle of Uniformitarianism)。他的一句名言是:「今天乃是解釋過去的鑰匙。」也就是說,藉著對現今地質現象的觀察來解釋地球發展的歷史。現代地質學的奠基人、英國地質學家賴爾(Charles Lyell)在他的著名的《地質學綱要》(Principle of Geology)一書中進一步完善了「自然劃一原則」,認為所有地球的變遷乃是由現今的自然過程經過漫長的時間逐漸積累而成。
與均變說相反,以法國古生物學家居維頁(Baron George Cuvier)為代表的災變學說(Catastrophism)認為,地質記錄所顯示的乃是多次因天災引發的突然劇變而非連續的均變。賴爾與達爾文是同代人。賴爾的均變論能提供達爾文的自然選擇理論所需要的漫長的歷史時間。達爾文推出《物種起源》后,賴爾的均變論逐漸被普遍接受。然而,化石的證據對均變論是相當不利的。