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進化論的分子生物學/遺傳學證據

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blackcurtain 發表於 2009-2-15 01:11 | 只看該作者 回帖獎勵 |倒序瀏覽 |閱讀模式
比較人類和靈長類genome中同源endogenous retrovirus(內源逆轉錄病毒)的位置分佈, 能夠證明人類和靈長類有共同祖先,

為了講清楚這個問題, 需要一點背景介紹.人類和地球上的生命的genome(基因組, DNA)中的DNA序列並不都是有用的, (用來編碼蛋白質-蛋白質實現基因的功能, 控制基因表達等). 當2003年, 人類基因組工程完成時, 我們終於第一次能看到我們完整的DNA編碼, 這是一個大部頭: 30億鹼基(可以理解為30億字母. 地球生命的DNA遺傳代碼只用四個字母ATGC). 讓我們感到驚訝的是我們編碼表達蛋白質的基因數目之少:20000-25000, 大大低於以前的估計. 這些編碼的基因只佔genome的1.5%.剩餘的部分是大量的repetitive element, 或者」垃圾(Junk DNA),沒有功能.  人類編碼區的基因,幾乎都是一樣的,很容易理解,這些有功能的基因是非常重要的,這一區域的突變是無法tolerate的,被自然選擇除去了.個體被從gene pool里除去. 就是說, 在自然選擇的壓力下, 功能區的DNA序列,個體間差異很少.   當我們考察非編碼區,故事就大不一樣了, 個體間差異非常大.原因是, 這部分產生的隨機突變,因為不對個體生存有影響,比較容易保留下來. 比較個體間這種非功能區DNA序列,可以鑒定是否有二者親緣關係.     這就是DNA親緣鑒定的基礎.   總結:人類genome 編碼區很小,個體差異極小;非編碼區龐大,個體差異較大.                       
下面回到endogenous retrovirus上面:
Retrovirus(逆轉錄病毒, 病毒一種.HIV就是一種逆轉錄病毒, AIDS的元兇)感染宿主細胞后,會複製自己的DNA並把COPY插入到宿主genome里去, 利用宿主的cellular apparatus 來複制自己。這是一個隨機的過程,這個病毒DNA  copy插入點是隨機的。當插入點在非編碼區時, 這個插入的copy有較大可能被保存下來. 因為一些機制, 突變等, 使這一插入的copy失去了功能, 它就有可能成為宿主被感染細胞的genome永久的一部分.  Retrovirus的DNA有很特徵的序列, 可以easily be spotted. 我們就稱這種genome里的retrovirus DNA片斷為endogenous retrovirus.如果被感染的是生殖細胞(germ line)並被插入了retrovirus DNA, 並且成為了 GENOME的一部分, 那麼這個endogenous retrovirus就有可能被遺傳到這個個體的後代。當這個後代再次被retrovirus感染,就可能會出現新的retrovirus DNA插入點。這樣,考察endogenous retrovirus在GENOME里的位點,也可以知道兩物種是否曾有共同祖先。物種分開后,新產生的endogenous retrovirus DNA插入點就不會相同了。在不同個體或物種的genome內相同的位點發現同樣的endogenous retrovirus, 就說明他們有共同的祖先.
因為,隨機的兩次獨立endogenous retrovirus插入點完全相同的幾率小到幾乎不存在. 舉個例子,你手頭有兩部大英百科全書, 第一版和第二版,內容99%是一樣的. 取出第一版,閉上眼睛,隨便翻開一頁,把手指放在書頁上,睜眼,把你手指下的字母標記好.取出第二版,做同樣的步驟,兩個字母在同一頁,位置相同的機會有多大呢?




Human endogenous retrovirus K (HERV-K) insertions in identical chromosomal locations in various primates (Reprinted from Lebedev et al. 2000, © 2000, with permission from Elsevier Science).

Lebedev, Y. B., Belonovitch, O. S., Zybrova, N. V, Khil, P. P., Kurdyukov, S. G., Vinogradova, T. V., Hunsmann, G., and Sverdlov, E. D. (2000) "Differences in HERV-K LTR insertions in orthologous loci of humans and great apes." Gene 247: 265-277.

這個圖是轉自Gene 2000年一篇文章,比較人和靈長類在染色體上同位逆轉錄病毒序列。圖中箭頭代表插入的逆轉錄病毒,橫向分枝表示各靈長類在進化過程中分離的時間順序,分支后的所有靈長類都會有這個分支點前的所有染色體上同位逆轉錄病毒。比如,和人類親緣最遠的新世界猴(New World Monkey)和人共有最左邊兩個endogenous retrovirus, 而和人類最近的黑猩猩chimp有11個 同位endogenous virus。在人類和chimp分開后,又產生了三個新的endogenous retrovirus插入事件,不和任何一個靈長類分享。


我們可以看人類和其他靈長類GENOME里一種逆轉錄病毒位點的比較,我們和所有靈長類有共同祖先,還可以看出親緣的遠近,在進化樹上分開的順序。

能說明靈長類和人類共同祖先的原理和retrotransposon 一樣,只不過病毒基因的插入是外源性的。

打個神學家能看明白的比方:印刷術發明前,聖經都是人手抄的。人是會犯錯誤的,如果每個抄寫員都把原本忠實記錄下來(假設抄寫員不更正原本 original的隨機錯誤,類比因為genome里非蛋白編碼區對個體生存影響不大,所以這些隨機變化不會被更正),包括原本里的隨機錯誤。那麼我們能從後代的抄本里存在相同的隨機錯誤的情況,向前反推這些抄本的共同祖先。因為抄寫員還犯自己的隨機錯誤,那麼他後面的抄本就會包含最初和新的隨機錯誤(類比新物種里產生新的transposon插入點產生)。這樣,我們能建立一個樹型結構,理清各抄本的承繼關係。

當然,抄寫員的精確度是不能和DNA聚合酶相比的。

其實聖經文本批判就是利用類似的方法追尋現有抄本的原本,結論是所有聖經來源於四個古本,埃及亞利山大,Vantican?還有倆忘了。

呵呵,有趣,聖經能幫助解釋進化論。
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 樓主| blackcurtain 發表於 2009-2-15 01:12 | 只看該作者
進化論的genomic證據 (1)

人類基因組已經被完整的精確測序出來,是一本30億字(鹼基)的書。同樣小鼠的基因組也已經精確的測出來了。比較二者可得出結論,人和鼠,同為哺乳動物,具有共同的祖先。

兩個基因組大概相同的長度。而且他們的蛋白質編碼區的分佈是驚人的相似。人類基因很長的一段染色體上的順序可以在鼠的染色體上準確的對應的找到。如果說人的基因在基因組裡序列是A,B,C,你將在鼠的基因組對應的地方找到同樣順序的A,B,C,儘管基因間的序列會有些不同。在一些情形下,這種對應要有很長的一段,比如,所有人17號染色體上的基因都可以在鼠的11號上找到。

這種基因的排列順序對這些基因的功能是沒有什麼影響的,完全沒有什麼必要的理由保持這種特定的基因排列順序。

更有說服力的共同祖先證據是對ARE's (ancient repetitive elements,古老重複片斷)的研究。所謂ARE其實就是由轉座子(transposon)插入產生的.Transposon,前段討論過,就是一種特殊的DNA片斷,是一種跳躍基因,他們能不斷複製自己並把新的複製的序列隨機插入到基因組不同的地方里去(註:這是指retrotransposon, DNA transposon cut themselves out and insert in new location),並且沒有明確的功能(有人叫他們寄生基因).現在有可能在正常基因之間的連接段里識別古老的transposon的殘跡。一些這種古老的transposon插入序列和最初的transposon序列上相比積累了很多突變,證明他們在這個地方已經很久了,所以叫這種 transposon的殘跡為古老重複片斷,ARE。

如果我們把鼠和人的基因組用對應的蛋白編碼基因序列為參照並列在一起,會發現這些ARE出現在一模一樣的位置上(比如在基因A和B之間)。更有說服力的是在同樣位置上找到不完整(truncated)ARE斷裂在相同的鹼基上(transposon在新位置插入時,經常會插入得不完整,因為種種原因斷裂掉,會在新位置上留下一個不完整的transposon並失去本身功能,比如一個transposon原來完整序列是:AATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCAATTGGCC,插入時斷裂在任意一鹼基處,這樣,在插入點就會留下一條不完整的transposon序列比如:AATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCA)。

發現在同一位置,同樣精確的斷裂在同一鹼基處的ARE,是非常有說服力的證據,鼠和人具有共同祖先。因為靠機會產生這樣在同樣位置,同樣斷裂方式的ARE是不可能的(更別說二個基因組中有很多這樣的同位置同樣的不完整ARE在)。

除非你能接受上帝分別創造了人和鼠,並且專門在同樣位置放置同樣斷裂的ARE以誤導我們,剩下的結論只能是人鼠有共同祖先。


圖和部分文字來自Francis Collins: The Language of God
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 樓主| blackcurtain 發表於 2009-2-15 01:13 | 只看該作者
有JDT scientist質疑transposon插入隨機性的提法,說transposon是有序列特異性的。本來用隨機是為了針對普通讀者的簡化問題的提法。既然有專業人員質疑,我們就來討論下這問題。

在文獻里,我們能看到關於transposon隨機和特異的兩種提法,怎麼回事兒?既然特異有序列要求,怎麼還能提隨機呢?Transposon其實是很大的家族,從最簡單的insertion sequence,一種DNA transposon,基本上是最random的,它可以插入到基因組的任何地方。而一種 retrotransposon,比如L1,是有很特異的序列要求的,它的插入點要求有AATTTT的序列,一個endonuclease在基因組DNA 上此處切口,才能插入。那麼我們還能說這種插入是隨機的么?在基因組水平,是的。人的基因組裡,L1有大約50萬個,ALU同樣利用L1  machinery 來插入,有150萬個。也就是說至少有200萬個點是滿足AATTTT序列要求的(別忘了,我們的基因組是有三十億字的大部頭)。

一個不太貼切的比方:對insertion sequence這樣的,好象一張大棋盤上有上億個格子,往上扔棋子,落在任何一個格子都是有效的著陸。對L1這樣有序列要求的,只有落在幾個相鄰格子組成的一個大格子(或者跟簡化,格子是有不同顏色的,只有紅色有效)才是有效著陸,雖然這些大格子(紅格子)數量遠小於總格子數,依然是很可觀的(百萬數量級)。

所以我們才會同時在文獻里看到隨機(基因組水平)和特異(local水平)兩種提法。

其實事情不完全是這麼簡單,還有accessibility 等問題。但加上transposon插入時的斷裂留下的證據,相同的truncated ARE是無可辯駁的共同祖先的證據。
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 樓主| blackcurtain 發表於 2009-2-15 01:17 | 只看該作者
本樓第二層內容來自Dr. Francis Collins的書《上帝的語言Language of God》

我之所以選擇Dr. Francis Collins的書《上帝的語言Language of God》,就是因為他的JDT+遺傳學家的雙重身份!

第一,他是 a leading geneticist遺傳學家,領導了人類基因組工程的完成,是一個非常重要的里程碑,是他在該領域的權威地位的佐證。他的工作對象就是基因。

第二,他是個虔誠的JDT。

那麼,他對進化論是什麼觀點呢?他堅決支持進化論。這主題里關於ARE的討論,就是他用來說明為什麼進化論是無可辯駁的事實( just a small part of all the evidences he numerated)。

請JDT們想一想,因為他的虔誠信仰,如果這些遺傳學的證據是能用創造來解釋的,他為什麼不呢?出於他的信仰,他有一切理由以批評的態度來拷問這些證據,他又有著其他JDT所沒有的scientific expertise,如果這些證據(正好是他的專業領域)有漏洞,很weak,是逃不過他的眼睛的。

他的結論是什麼呢?Quote from Language of God:" The examples reported here from the study of genomes, plus others that could fill hundreds of book of this length, provided the kind of molecular support for the theory of evolution that has convinced virtually all working biologists that Darwin's framework of variation and natural selection is unquestionably correct. In fact, for those like myself working in genetics, it is almost impossible to imagine correlating the vast amounts of data coming forth from the studies of genomes without the foundations of Darwin's theory. As Theodosius Dobzhansky, a leading biologist of the twentieth century (and a devout Eastern Orthodox Christian), has said, "Nothing in biology makes sense except in the light of evolution.""
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 樓主| blackcurtain 發表於 2009-2-15 01:24 | 只看該作者
進化論是有著來自各學科的無數證據支持的理論, 是如此的compelling, 基本上,生物學家都接受進化是事實(fact).

進化是事實, 進化論是仍然在充實,發展的理論.

就象一件刑事案件,現有證據已經可以確定誰是罪犯.但是,他具體實施的過程,還需要繼續調查. 就是實施細節可以繼續充實, 但基本不會影響結論了.
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 樓主| blackcurtain 發表於 2009-2-15 01:31 | 只看該作者
進化論和創造論矛盾么?

如果你認為存在著一個我們無法感知的"神",你可以非常方便的把他inject到人類任何一個科學理論後面.比如:"神"以進化的方式創造.

呵呵, 這樣的"神"創論, 是任何科學無法否定的.

不存在的東西, 你能否定他的存在么?

"龍創論", "盤古創論", "上帝創造"都是等價的命題.

一個例外是, 進化論可以否定<<創世紀>>. 因為它非常具體的給出了創造時間表,創造的順序等, 這些和我們了解的進化的事實是違背的.
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 樓主| blackcurtain 發表於 2009-2-15 01:36 | 只看該作者
Stickleback快速平行進化:所謂宏進化問題的破產

JDT在大量證據面前,不得不承認一些可觀察的進化的事實,比如細菌抗藥性,病毒的快速
變異.但他們繼續試圖否認進化這一事實,創造了所謂微進化和宏進化這一區別.這樣就
能接著圓"創造各從其類"的神話.

所謂微進化和宏進化這一區別根本就是人為的主觀界定.他們其實
是一回事.

2005 Science 一篇關於Stickleback(見圖)快速平行進化的paper,用事實證明單一基因
的變異,足以造成宏觀的生物體結構差異.這一成果被評為該年十大科學突破之一.
Science's Breakthrough Of The Year: Watching Evolution In Action

ScienceDaily (Dec. 25, 2005) http://www.sciencedaily.com/releases/2005/12/051224100718.htm...."studies showed how small changes in DNA can trigger dramatic evolutionary events. Researchers found that a single genetic change can be all it takes to turn one species into many, as in the case of the Alaskan stickleback fish that lost its armor and evolved from an ocean-loving species to a variety of landlocked lake dwellers."




圖中魚叫stickleback. 海里的生活在阿拉斯加,體表有完整的骨質凱甲,而北半球各大
陸淡水湖中的多種stickleback不約而同都喪失了這骨質凱甲.研究表明在一萬多年前冰
川退縮時,海stickleback被留在眾多北半球的冰川退縮后形成的與海隔絕的淡水湖裡,這些互不相鄰的幾個大陸上的
淡水湖裡的stickleback都不約而同進化而失去了完整的骨質凱甲,適應的原因可能有:1,淡水Ca
水平低, 2. Predator 少,耗費能量資源長完整的骨質凱甲反而成了不利因素;3.覓食條
件改變,沒有骨質凱甲更靈活.

冰川退縮這一事件,使眾多淡水湖的每一個都成了獨立的平行的進化實驗,而實驗結果是:進化形成
的不同種淡水stickleback有一共同點,都喪失了完整的骨質凱甲.

線粒體遺傳分析表明這些不同湖裡的stickleback並不是來源於一個喪失了骨質凱甲的
共同祖先(relocation is not possible due to geological separation),而是分別各
自從海stickleback這一共同祖先獨立進化來的.

Stanford這一實驗室的遺傳學分析表明,這一宏觀上的差異,起源是同一個基因Eda.這一
微小的單一基因的變異造成了整體外觀的顯著不同. 可以envision,在這一差異基礎上,
累積其他差異,形成了如今眾多的各種淡水種stickleback.

另:人類依然保有Eda基因,主要和皮膚,汗腺,毛髮有關.

這是非常有力的證據說明所謂微進化和宏進化是人為的劃分而沒有事實根據.



這裡是原文摘要供感興趣的同學閱讀.
Science 25 March 2005:
Vol. 307. no. 5717, pp. 1928 - 1933
DOI: 10.1126/science.1107239 Prev | Table of Contents | Next

Research Articles
Widespread Parallel Evolution in Sticklebacks by Repeated Fixation of
Ectodysplasin Alleles
Pamela F. Colosimo,1 Kim E. Hosemann,1 Sarita Balabhadra,1 Guadalupe
Villarreal, Jr.,1 Mark Dickson,3 Jane Grimwood,3 Jeremy Schmutz,3 Richard M.
Myers,3 Dolph Schluter,4 David M. Kingsley1,2

Major phenotypic changes evolve in parallel in nature by molecular
mechanisms that are largely unknown. Here, we use positional cloning methods
to identify the major chromosome locus controlling armor plate patterning
in wild threespine sticklebacks. Mapping, sequencing, and transgenic studies
show that the Ectodysplasin (EDA) signaling pathway plays a key role in
evolutionary change in natural populations and that parallel evolution of
stickleback low-plated phenotypes at most freshwater locations around the
world has occurred by repeated selection of Eda alleles derived from an
ancestral low-plated haplotype that first appeared more than two million
years ago. Members of this clade of low-plated alleles are present at low
frequencies in marine fish, which suggests that standing genetic variation
can provide a molecular basis for rapid, parallel evolution of dramatic
phenotypic change in nature.

1 Department of Developmental Biology, Stanford University School of
Medicine, Stanford, CA 94305–5329, USA.
2 Howard Hughes Medical Institute, Stanford University School of Medicine,
Stanford, CA 94305–5329, USA.
3 Department of Genetics and Stanford Human Genome Center, Stanford
University, Stanford, CA 94305–5120, USA.
4 Zoology Department and Biodiversity Research Centre, University of British
Columbia, Vancouver, British Columbia, Canada, V6T 1Z4.
----------------------------------------------------------------------------
----

這裡科普版的介紹,介紹這一重大成果的意義.

Same Mutation Aided Evolution In Many Fish Species, Stanford Study Finds

ScienceDaily (Mar. 29, 2005) — STANFORD, Calif. – After decades of
laboratory work studying how animals evolve, researchers sometimes need to
put on the hip waders, pull out the fishing net and go learn how their
theory compares to the real world. According to a Stanford University School
of Medicine study published in the March 25 issue of Science, Mother Nature
is more predictable than lab experiments suggest.

In a diverse group of fish called the stickleback, nature took advantage of
the same genetic trick time and again to allow freshwater species to shed
their burdensome body armor and transform into a lighter, spryer fish. This
is among the first times scientists have shown that the same genetic change
is responsible for an evolutionary adaptation in disparate populations.

「Almost every time the stickleback evolves in fresh water it loses the
armor,」 said David Kingsley, PhD, professor of developmental biology and
lead author of the study. 「Although the trait evolved many times all over
the world, nature uses the same gene each time.」

Sticklebacks evolved from a relatively uniform marine population into today
』s broad spectrum of shapes and sizes when the last Ice Age ended roughly
10,000 years ago. Because ocean fish quickly evolved into such distinct
populations when they colonized new freshwater lakes and streams, they are
an ideal model for understanding how animals adapt to their unique
environments.

The recent work carries a few surprises. Kingsley said that the gene in
question, called Eda, is an old friend to laboratory researchers who have
found that mutations in the same gene in mice cause altered hair patterns.
However, in mice similar alterations can also be created by defects in any
one of three different genes. 「Based on the mouse work you』d predict we
would find mutations in any of the three genes in sticklebacks,」 said
Kingsley, who is also a Howard Hughes Medical Institute investigator. 「That
』s not what we see.」

Instead, the group found the exact same genetic change in each of the 15
freshwater sticklebacks they studied, including one local species the group
collected from a stream near Fresno. Perhaps mutations in the two other
genes cause problems for the fish in addition to reducing the number of
armor plates, Kingsley said.

Most of these fish evolved independently from marine ancestors that are
covered head to hind fin in body armor. Although it』s not clear why losing
the armor is a benefit to freshwater fish, Kingsley noted that the unarmored
fish are lighter and faster than their more burdened marine cousins.

In an effort to learn more about how the armor trait evolves so quickly,
Kingsley and his colleagues sequenced that genetic region in a large number
of marine fish, all of which had a complete set of armor plates. A small
number of these fish had one copy of the Eda gene that contained the
mutation in question.

It』s likely that when a pocket of sticklebacks got isolated, at least a few
of those fish already carried the mutated copy of the Eda gene. When those
fish bred, some gave rise to offspring with two copies of the mutation and
no (or reduced) body armor. In a freshwater habitat those fish prospered and
populated the stream or lake with similarly armorless offspring.

Kingsley said this work is part of a larger study to understand how
evolution generates major morphological and physiological changes. 「We want
to learn how evolution works on a large scale,」 he said. In previous work,
his group found that several species of stickleback lacking hind fins all
shared an alteration in how a gene was turned on and off.

The striking similarity is that in both studies evolution turned to the same
genetic switch to work a visible change in the fish. However, in the fin
study the group wasn』t able to pinpoint the exact genetic alteration.

The group continues to wade out into nature, collecting additional
stickleback species from around the world that can reveal whether particular
genes are always reused when the animals adapt to new conditions, or if
evolution has other tricks up its sleeve to push organisms towards an
optimal form for their environment.

Other Stanford researchers who participated in the study include graduate
students Pamela Colosimo, PhD, first author on the study, and Kim Hosemann;
technician Sarita Balabhadra; undergraduate Guadalupe Villarreal Jr.;
technical managers at the Stanford Human Genome Center Mark Dickson, Jane
Grimwood and Jeremy Schmutz; and Richard Myers, PhD, professor of genetics.
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 樓主| blackcurtain 發表於 2009-2-15 01:38 | 只看該作者
也以此篇紀念達爾文誕辰200周年.
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柏桐 發表於 2009-2-15 02:41 | 只看該作者
支持一下.
不過還是可能會從科普的角度請教或質疑.
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 樓主| blackcurtain 發表於 2009-2-15 03:34 | 只看該作者
歡迎!

原帖由 柏桐 於 2009-2-15 02:41 發表 [進化論的分子生物學/遺傳學證據 - 其它信仰 -  backchina.com]  
支持一下.
不過還是可能會從科普的角度請教或質疑.
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從不迷路 發表於 2009-2-15 03:43 | 只看該作者
謝謝樓主辛苦
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 樓主| blackcurtain 發表於 2009-2-15 03:50 | 只看該作者
還好, 都是從前舊貼. 重新整理一下.

正好最近在討論進化論.

原帖由 從不迷路 於 2009-2-15 03:43 發表 [進化論的分子生物學/遺傳學證據 - 其它信仰 -  backchina.com]  
謝謝樓主辛苦
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傻蛋吞椰酥 發表於 2009-2-15 04:23 | 只看該作者
大力支持! 請排排版, 整理好文獻。這是不可多得的好材料。強力推薦給大本營。基因方面我學的淺,大分子功能蛋白和酶動力學方面我再找找資料。

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sousuo 發表於 2009-2-15 06:13 | 只看該作者
該類位點有沒有個體差異?

若有,個體差異和種間差異是什麼樣的關係?
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schmetterling 發表於 2009-2-15 07:40 | 只看該作者

回復 7樓 blackcurtain 的帖子

本來我想潛水來著,但看到樓主這麼好一篇文章,必須得冒個泡,鼓掌下
人生苦短,必須性感,不成功,變成豬!
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goodoctor2 發表於 2009-2-15 09:27 | 只看該作者
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iamcaibird 發表於 2009-2-15 20:33 | 只看該作者
專業!
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