1735年,林奈來到了荷蘭,在那裡他拿到了醫學學位。同年,他出版了《自然系統》(Systema Naturae )一書,在書中提出了他自己的分類思想,把自然界分為動物界、植物界和礦物界。在那段時間裡,他還見到了許多當時最著名的科學家。1738年,林奈回到瑞典當起了醫生。3年後,他在烏普薩拉大學擔任教職。除了重建大學的植物園,他還培養出了許多優秀的弟子。這些弟子週遊世界,有的甚至參與了庫克船長的環球航行,為林奈送回了世界各地大量的植物標本。
當1735年林奈首次出版《自然系統》的時候,這本書不過是一份只有11頁的小冊子,到了1758年出版第10版的時候,它已經是一本巨著,收錄了用林奈雙名法命名的上萬種動植物。在此之前的1753年,他還出版了《植物種志》(Species Plantarum )一書,為7000多種植物命名。這些命名一直沿用至今。