第一代黃金大米的胡蘿蔔素含量較低,一個人每天需吃好幾公斤黃金米才能滿足最低的維他命A需求。這是不切實際的,也引起一些專業人士的批評。再經過幾年的努力,用一個玉米基因取代原來兩個水仙花基因,2005年育成第二代黃金大米,將胡蘿蔔素含量一舉提高了20多倍,一個人只需按通常每天進食大米的量,就能夠滿足維他命A需求,由菲律賓的國際水稻研究中心( International Rice Research Institute)從事進一步育種開發。同時,在先正達(Syngenta)公司帶頭下,32個不同研究機構與公司都同意放棄應用在黃金大米上的70個專利權,栽種黃金米的農民可以自由留存種子,不必每年向種子公司購買。