進化論在真理上的種種謬誤

可不是品種啊。

原帖由 在美一方 於 2007-9-18 22:35 發表


是，可重複一些。是不是能重複所有的，首先要問我們是不是已經發現所有的，再加上正在發生的，我們永遠也不可能知道所有的。

在所有已知的Tranposon在genome里插入pattern，是否能被人為的全部複製？　用一個相同的genome蛋白，是否已能複製出人和黑猩猩的genome差異蛋白編碼？

人類是不是正在建立genome　pattern　資料庫？　這是不是說人的pattern有多少種，還是一個未知的？　

原帖由 在美一方 於 2007-9-19 00:01 發表


這大概是80年前僅僅拘泥於形態學證據時侯的看法

80 年後依然如此。

原帖由 柏桐 於 2007-9-18 10:13 發表
在所有已知的Tranposon在genome里插入pattern，是否能被人為的全部複製？　用一個相同的genome蛋白，是否已能複製出人和黑猩猩的genome差異蛋白編碼？

人類是不是正在建立genome　pattern　資料庫？　這是不是說人的pattern有多少種，還是一個未知的？

有必要都重複么？這麼些物種中的這麼些cases？所以既然沒有都重複，就不能說都能重複，雖然重複過到一定百分比的時候可以說都能重複。其它全不知道，等專家。一個個人看法，既然transposon的活動時刻在發生，可能知道人的pattern有多少種么？也許概率上可以推測個極限？不確定。

原帖由 研究 於 2007-9-18 10:13 發表
80 年後依然如此。

對那些對80年來進展視而不見的人，然。

原帖由 研究 於 2007-9-18 10:11 發表
物種。

很好！是生物分類學定義上的「物種」還是神學定義的什麼類似的概念？

原帖由 在美一方 於 2007-9-19 00:24 發表


有必要都重複么？這麼些物種中的這麼些cases？所以既然沒有都重複，就不能說都能重複，雖然重複過到一定百分比的時候可以說都能重複。其它全不知道，等專家。一個個人看法，既然transposon的活動時刻在發生 ...

用同一的genome蛋白複製出人和黑猩猩的genome差異蛋白，　這應該是非常重要的case吧? 等看專家怎麼說.
THX!.

原帖由 柏桐 於 2007-9-18 10:13 發表
人類是不是正在建立genome　pattern　資料庫？

剛才有人告訴我有這麼一個資料庫了，是RepBase，裡面documented有目前已知的transposon，當然，我沒有查證。

另，也是剛知道：人類基因組裡約44%是transposon，當然絕大多數是以前活動的記錄。

[ 本帖最後由 在美一方 於 2007-9-18 14:14 編輯 ]

抱歉，太忙，沒時間上來。

因為昨天寫的些東西都是遺傳學，分子生物學上的較深入的內容，要全面理解需要一些相關的背景基礎知識。大家有誤解難怪。等我有時間再寫具體些。

為了好理解，我就再做個極度簡化的說明為什麼這些是最有力的人類和其他動物有共同祖先的證據：只要抓住兩點
1。transposon　是隨機事件，基本不收外部因素影響。
2。這一隨機事件發生后，就永久成為genome的一部分。
3。只有從共同祖先那裡，才能繼承到相同的tranposon隨機pattern.
4。tranposon的活動在持續產生新的隨機插入，生殖隔離的物種在進化樹上分開后，會產生不能match的pattern.但share 從共同祖先那裡繼承的隨機pattern.
5.人類和靈長類，其他哺乳動物，甚至更低級的生物都有能match的這樣的隨機產生的pattern.
6。transposon大部分存在於genome非功能區，不影響生物體的功能形態，因為不影響生命的功能，所以不承受自然選擇的壓力被篩選，才能做為junk DNA (this part is very simplified and not 100% accurate for the seek of clarity)經歷漫長的年代，generation after generation保留下來，有因為他的特性，讓我們有依據回溯物種進化的歷程。

這方面的研究和其他進化論的證據一樣，無可辯駁地證明人類是從很低等的動物進化來的。

人的genome里有功能的gene只佔了很小一部分。很大部分是junk DNA. 象在美說大概transposon consists of about 44% of it。還有一個事實也很驚人，我們genome里有12%是古病毒的基因。因為一些病毒感染細胞後會把自己的DNA插如宿主的genome里。多少代累積下來，就成為一個驚人的比例。非功能區，能提供很多過去發生事件的記錄。因為DNA複製的嚴密準確，這些事件記錄才能歷經億萬年保存下來。

我們每個人每個細胞里都記錄著我們億萬年進化的過程。

進化是事實，無數證據證明。

具體進化的細節，是生物學還在不斷研究充實著的。從這個意義上說，進化理論尚未完善。但進化這一事實是已經明確無疑的建立了。

生物學家接受進化論，不是靠信心，而是因為無可辯駁的證據。

試圖混淆這一區別是徒勞的，違背事實的。

大S怎麼看樓上的啊??上次你說過, 只要人不是上帝造的, 就退出基督教的......
當然,現在我不準備和你較真了......剝奪別人的信仰也不是件快樂的事情.....

表面看，是一個改變信仰的過程；實際上，是一個改變自我認知（self-identification）的過程，也即是一個改變自我的過程。這個過程充滿痛苦和矛盾。大S需要一段掙扎的過程。

但是，科學的光芒總有一天會照進天堂的。

[ 本帖最後由 iamrabbit 於 2007-9-19 11:12 編輯 ]

即使科學證明了人不是上帝造的，大S同樣還可以把它「信」成上帝造的。

嗯，沒有天堂怎麼照呀？

就要看大S願不願意改變自己了

還有，旺財同學呢？看看他怎麼說？

大S可以「信」出個天堂，偶們也可以「照」出個天堂嘛。

呵呵，想起劉德華唱的「少林足球」了，「踢」出個未來。。。。

原帖由 blackcurtain 於 2007-9-19 08:12 發表
這方面的研究和其他進化論的證據一樣，無可辯駁地證明人類是從很低等的動物進化來的。

根據你目前所提供的知識, 我個人只能說與其他進化論的證據沒有衝突, 支持進化論理論. 但結論也只能是人類與低等動物有關聯. 還不能充分證明"人類是從很低等的動物進化來的". 如這句, "1。transposon　是隨機事件，基本不收外部因素影響。", 就需要更詳細的說明. 隨機事件好象不是"基本上", 而是100%不收外部因素影響.  而隨機事件本身又可能被理解成超人的因素.  特別是人與黑猩猩在transposon上的差別. 還是有疑問. 等待你更具體的講解.

多謝!

原帖由 柏桐 於 2007-9-18 19:53 發表

現在是否可以人為重複任何一種Tranposon在genome里插入?
如果是隨機的, 也可以觀測. 有沒有數學語言描述這個隨機性?

"基因變異是隨機的", 這是一個概念, 自然選擇又是另一個概念. 還是先請教 ...

我個人覺得，這裡的「Tranposon在genome里插入」和「基因變異」應該並不是統計學上面的完全隨機。

在基因組中某些核酸的變異就有一些規律可循，例如在CpG（基因組中C和G密集的地方）中，C變異成T的概率遠遠（好像是二十倍）高於其它地方。
但當你考慮一大片核酸序列時，完全相同的變異的重複發生，其概率是非常非常小的。因此，基因的變異能夠作為判斷物種之間親緣關係遠近的指標。

對於「Transposon在genome里插入」或者也是如此，可能它有特異地插入某些地方的（微弱的？）傾向。我們未知而已。
但我想，重複發生的「Tranposon在genome里同一位置的插入」應該是概率非常非常小的事件。因此，它能夠作為親緣關係遠近的一個判斷標準。

如果插入是隨機的，古病毒也不可能感染每一個個體，那同一種群中不同個體的譜系間應有差異，種內的差異和種間的差異是怎麼考慮的。

如是隨機插入，而同種同譜，那每一種都只能是一個個體的後代了，而由一個個體繁衍成種群的可能性是不大的。

病毒不管是古是今，和具細胞形態的生物誰先誰后的問題解決了嗎？

而一定是古病毒嗎？是一定沒有功能，還是到目前我們不知其功能？４４％的無用信息好好地被保留了下來。從進化的角度不也挺奇怪嗎？

原帖由 柏桐 於 2007-9-18 21:49 發表
特別是人與黑猩猩在transposon上的差別. 還是有疑問.

人與黑猩猩在transposon上的差別反映了二者在約700~600萬年前分離以後各自的進化路徑和程度。我看過一篇去年的比較新的研究，比較了二者在transposons上的差別。二者不同的transposon insertion共有10719個，其中人類有7786個，黑猩猩有2933個。這說明總體上來講，人類在與黑猩猩分開以後，進化得更intensive些。也部分能說明為什麼人和黑猩猩基因>98%相同的情況下，仍然有這麼大的差別，因為分開后，進化依然非常活躍。蠻有意思的論文，你可以找來讀讀。其中的技術細節如果你不熟悉，可以不管它，整體實際上很容易讀懂的。如果你找不到，我可以給你全文，以下是long citation.


Ryan E. Mills, E. Andrew Bennett, Rebecca C. Iskow, Christopher T. Luttig, Circe Tsui, W. Stephen Pittard, and Scott E. Devine
Recently Mobilized Transposons in the Human and Chimpanzee Genomes
The American Journal of Human Genetics, volume 78 (2006), pages 671–679

Abstract: Transposable genetic elements are abundant in the genomes of most organisms, including humans. These endogenous mutagens can alter genes, promote genomic rearrangements, and may help to drive the speciation of organisms. In this study, we identified almost 11,000 transposon copies that are differentially present in the human and chimpanzee genomes. Most of these transposon copies were mobilized after the existence of a common ancestor of humans and chimpanzees, 6 million years ago. Alu, L1, and SVA insertions accounted for >95% of the insertions in both species. Our data indicate that humans have supported higher levels of transposition than have chimpanzees during the past several million years and have amplified different transposon subfamilies. In both species, 34% of the insertions were located within known genes. These insertions represent a form of species-specific genetic variation that may have contributed to the differential evolution of humans and chimpanzees. In addition to providing an initial overview of recently mobilized elements, our collections will be useful for assessing the impact of these insertions on their hosts and for studying the transposition mechanisms of these elements.

原帖由 sousuo 於 2007-9-19 06:42 發表
４４％的無用信息好好地被保留了下來。從進化的角度不也挺奇怪嗎？

無用僅僅是說它們目前沒有發現對個體的發育/功能有調控作用。但是他們是歷史記錄。我記得有誰把這個比喻成軟體的註釋部分，雖不完全一樣，但比喻能說明一部分問題。軟體的註釋部分，完全不是可執行語句，但是它反映了軟體的很多信息，其中的version history更始比較像這些junk gene。從進化的角度看一點兒也不奇怪，反倒是從創造的角度看要奇怪些，因為創造者為什麼要在人基因里留下垃圾？未免太不完美。

[ 本帖最後由 在美一方 於 2007-9-19 07:00 編輯 ]