下面看看方舟子對丁文的批駁。方文一上來就指責丁文「不過是在重複美國基督教傳教士的宣傳」。丁林似乎對方舟子這種亂貼標籤的做法有所預見,所以在引子部分就率先明確申明了「我們不是基督徒。我們記下這篇文章,不是出於對某種特定宗教特定信仰的褒揚」。丁林介紹說「美國公共電視台(PBS)曾經播放過一個一小時的專題節目,題為《信仰和理性》(Faith and Reason),談科學理性和基督教信仰的互動問題。這是一個主要由著名科學家和神學家發表議論的節目。」我想這一方面是在說明丁文的主旨是科學理性和宗教(基督教)信仰的關係,另一方面也說明丁文的資料來源並非是「美國基督教傳教士的宣傳」。方舟子的指責顯然是非常武斷和不顧事實的。
方舟子抓到的第一個漏洞,是關於霍金的信仰。方文具體地反駁了「霍金信神」的「原教旨基督徒謠言」。霍金當然是不「信神」的,包括我自己在內的被方舟子非常不科學地稱為「原教旨基督徒」的基督徒都清楚這一點,也可以為這一點做證。當然我不敢保證世界上數以億計的基督徒當中沒有人會誤解霍金的信仰,但是我不知道方舟子何以能以此批評基督徒「一貫造謠」。(方舟子還提到「原教旨基督徒就一貫造謠說愛因斯坦信神」,這更是基督徒多次澄清過的 [9]。)丁文本身其實也明確表明了霍金是相信「宇宙的創始完全可以用物理定律來解釋」而「不需要超自然力量的存在」的無(疑)神論者的,方舟子這番慷慨激昂的對「霍金信神」的「謠」言的揭批真的是「大戰風車」得很。說到霍金,其實有一些很重要的事情丁林和方舟子都沒有提到,比如霍金之所以在《時間簡史》等裡面要討論宇宙的起源,又提出「人擇原理」等等理論,正是因為他意識到現代宇宙學的一些發現(如「大爆炸」表明時空有始和宇宙參數的巧合)「神學(有神論)意味太濃」,對自己的自然主義無(疑)神信仰構成了威脅。這正是我前面談到的無(疑)神論者面對現代科學的發現所做出的「拯救信仰」的「防衛反應」的又一個很好的例子。諷刺的是,霍金的這些理論因為其太「玄」甚至「散發出宗教和智慧設計的氣味」也受到其它無(疑)神論科學家的批評[10]。至於丁文把"the mind of God"譯成「上帝的旨意」,確實不如方舟子說的「上帝的心智」準確,但這也並不能證明丁林是有意「誤導」。