流動，燃燒或其它

當時當時方孝孺已經是名聞天下的第一大儒，其學識品德為四海所稱頌。朱棣起兵時，其謀士姚廣孝曾對他說，城破之日方孝孺是決不會投降的，但萬萬不能殺他，殺了孝孺，天下的「讀書種子」（能承先啟後的讀書人）就滅絕了。」朱棣點頭答應。其實，朱棣也有意借用方孝孺的威信來收攬人心，所以當燕軍攻破南京后，朱棣屢次派人到獄中向方孝孺招降，希望由他撰寫新皇帝即位的詔書，方孝孺堅決不從。隨後朱棣強行派人押解方孝孺上殿，方孝孺披麻戴孝（斬衰）而入，悲慟至極，哭聲響徹大殿。

朱棣上前安慰方孝孺，告訴他：「方先生別辛苦了，我只是像周公輔佐成王一樣。」方孝孺厲聲質問朱棣：「那成王（意指明惠帝）在哪？」朱棣稱惠帝已經自焚。方孝孺繼續質問：「那為何不立成王的兒子（意指惠帝的兒子）為君呢？」朱棣答道：「國家仰賴年長的君王啊。」方孝孺繼續追問：「為何不立成王之弟呢？」朱棣則稱：「這是朕的家事。」並命人將筆墨投到方孝孺面前，聲稱：「要命令天下人的詔書，不是方先生寫的，不可以。」強迫他寫詔書。方孝孺接過筆，寫上「燕賊篡位」幾個字后，即擲筆於地，罵道：「死就死，詔書我不寫。」朱棣見方孝孺寧死不屈，即威脅道：「你不怕我誅你九族了？」方孝孺義無反顧地斥責說：「就算誅十族，奈我何！」朱棣怒不可遏，命人將其押赴集市施以磔刑，時六月二十五日。

方孝孺被打進死牢時，明成祖朱棣派人大肆搜捕方孝孺在京的親屬（相傳誅殺「十族」，更勝於誅九族），並在行刑當日把他們押往刑場，在方孝孺面前一一殺害，場面十分殘忍。方孝孺的弟弟方孝友將要被殺的時候，方孝孺看著弟弟，流下了眼淚，方孝友安慰他說：「阿兄何必淚潸潸，取義成仁在此間。華表柱頭千載后，旅魂依舊到家山。」隨後從容赴死、

「 天降亂離兮孰知其由，三綱易位兮四維不修。骨肉相殘兮至親為仇，奸臣得計兮謀國用猶。忠臣發憤兮血淚交流，以此殉君兮抑又何求？嗚呼哀哉庶不我尤！ 」

——方孝孺臨刑遺辭

方孝孺強忍悲痛，始終不屈。被凌遲殺害於南京聚寶門（今中華門）外，時年四十六歲。

方孝孺被殺后，無人敢收屍，戴德彝撫屍慟哭不已，絕食三日，有詩云：「臨危生死決須臾，為國寧憐家與軀？繼志情殷愧力短，承先念切遇時渝。關山欲斷春秋淚，骨肉長分南北區。手澤遺今無復守，聊憑風雨泣桑榆。」最後方孝孺遺骸由門人廖鏞、廖銘收葬於聚寶門外山上，隨後兩人也因此連坐被誅。方孝孺妻子鄭氏與子方中憲、方中愈上吊自殺，兩個女兒亦跳入秦淮河自盡。

方孝孺的宗族親友前後受誅者達873人，受牽連者達數千人，其門人中以身殉者有盧原質、鄭公智、林嘉猷，史稱「誅十族」。