1960年,格瓦拉出版了一本名叫《游擊戰爭》(Guerrilla Warfare)的書,這成為其他左翼游擊隊的行動指南。這本書提供了很多非常實用的建議,甚至在今日的童子軍手冊中也可看到其影子——比如說,「只多帶一條褲子,不要帶太多的內衣和其他物品」。格瓦拉這本書的開創性貢獻是他強調游擊隊員要有靈活的應變能力——革命的游擊中心主義。「並不一定要等到發動革命的所有條件都具備,」他指出,「發動起義能夠創造這樣的條件。」他的追隨者,法國知識分子雷吉斯·德布雷(Régis Debray)在自己的宣言書《在革命中的革命?》(Revolution in the Revolution?)里這樣闡述格瓦拉的思想:「開闢一個軍事上的游擊戰中心,而非政治上的中心,他對未來的影響將是決定性的。」
剛果起義軍僅僅在坦噶尼喀湖西岸有一小片解放區,坦噶尼喀湖是一片廣闊的內陸湖,周邊覆蓋著棕櫚樹林,對歐洲人來說是一片「剛發現」的土地,1858年,探險家理查德·弗朗西斯·伯頓爵士(Sir Richard Francis Burton)和約翰·斯皮克(John Speke)發現了這個湖泊。在殖民時代,坦噶尼喀湖分別屬於比屬剛果和德屬東非,現在則將剛果與蒲隆地和坦尚尼亞隔開。1965年春天,格瓦拉來到這裡,他在日記中寫道:「人民解放軍的基本特點是一支寄生蟲軍隊,不工作、不訓練、不戰鬥,從民眾中徵用物資和勞役,有時候手段還特別殘酷。」
格瓦拉做了很多工作,試圖提高起義軍的訓練水平和紀律性,但收效甚微,原因是他發現這些人缺乏卡斯特羅手下那批人的獻身精神。軍官們要麼從前線臨陣脫逃,到達累斯薩拉姆(Dar es Salaam)花天酒地,要麼隨便找個地方「喝到爛醉如泥」。就算是偶爾帶領士兵投入戰鬥,這些軍官也會「率先臨陣脫逃」。而普通士兵則滿足於「擁有一支步槍和一套軍服,有時候甚至是一雙鞋子,以及在當地有一定的權威」。他們基本上都沒有「革命意識」。事實上,這些士兵缺乏「任何超越當地傳統部落視野的長遠眼光」。他們寧願相信巫術而不是馬列主義,他們相信巫師的符咒可以讓人刀槍不入。這些人甚至拒絕攜帶自己的補給品,並且振振有詞地說「我又不是卡車」,後來則說「我又不是古巴人」。格瓦拉總結認為,他們「懶散而毫無紀律」,而且「沒有任何戰鬥或自我獻身的精神」——「是我遇到過的最差勁的戰士」。