蒙古、西藏和新疆在清朝的統治下才被併入帝國之中。滿洲人在1644年征服中國前已與鄰近的蒙古各部結成聯盟。蒙古人被納入八旗制度之中,蒙古王公得到了清廷的認可,並在蒙古故地設旗(本質上即是一個游牧部族的封地),滿洲朝廷還經常納蒙古郡主為嬪妃。到了乾隆盛世,清朝征服西部頑抗的蒙古各部,並將所有的蒙古人置於清朝統治之下。蒙古人信仰的藏傳佛教,同樣也得到清廷的支持與贊助。共同的宗教信仰有助於清朝對西藏的并吞。達賴喇嘛和清朝皇帝之間的關係被看成是供施關係(priest and patron),這種關係使得西藏人擁有了他們最為看重的宗教權威。同時,清朝政府為了強調它的政治權威,在拉薩派駐了一支人數有限的軍隊並任命了駐藏大臣。新疆則是在18世紀通過長時間的一系列軍事行動被併入帝國版圖中的,然而在19世紀,穆斯林又起來反抗,清朝通過軍事行動對其予以平定。