羅德里戈·博爾吉亞的財產為他日後購買教皇職位的行動大開方便之門。同時,他把自己當做教廷的統治者,和情婦瓦諾扎·德·卡塔內(Vannozza de Catanei)過起了驕奢淫逸的生活。他先前的艷史已經給他留下了不少孩子,而瓦諾扎在此後的20年裡又給他添了4個私生寶貝。其中的切撒爾·博爾吉亞(Cesare Borgia)和盧克利齊婭·博爾吉亞(Lucrezia Borgia)和他們的父親一樣成為了聞名遐邇的小黑手黨。
庇護二世在聽說了博爾吉亞某晚的縱慾狂歡之後提筆給他寫了封信:"孩子,我們聞悉4天以前有幾個錫耶納的女人聚集在喬萬尼·迪· 比齊斯(Giovanni di Bichis)的花園裡。她們簡直是人間放蕩的極品,而你則忘了自己的身份與地位,和她們從下午一直廝混到晚上。像你這般年歲的神職人員應該時刻把自己的尊嚴和職責銘記在心。我還聽說那天艷舞不斷,浪語聲聲,而你對這一切則相當駕輕就熟。提到這些事情都讓我覺得羞恥,不但因為這種行為本身性質惡劣,而且它和你的地位極為不相稱。你為了滿足自己的色慾,把那些女子的丈夫、父親、兄弟和其他親戚攔在了門外……整個錫耶納城都在談論那個荒唐之夜……我的不快已經無法用語言形容……紅衣主教應該是潔白無瑕的。"
選舉如期進行,羅德里戈·博爾吉亞不出所料地獲得了勝利。新當選的教皇亞歷山大六世無法抑制內心的喜悅,他在法衣加身的時候激動地喊著:"我是教皇啦!我是教皇啦!"喬萬尼·迪·美第奇(Giovanni di Medici)(後來的教皇利奧十世)曾評論道:"我們被世界上最野蠻的惡狼抓住了,我們或者逃跑,或者被他生吞活剝。"
人民可以通過付錢給教皇的方式換取死後一定能進天堂的保證,這個理念惹惱了德意志修士馬丁·路德。1517年,馬丁·路德把自己寫的《九十五論綱》(Ninety-Five Theses Upon Indulgences)用釘子釘到了維滕貝格大教堂的門上,標誌著他對教皇濫用職權的勇敢蔑視。他在文中寫道:"教皇比任何人都富有,為什麼他不用自己的錢去修復聖彼得大教堂,而非要壓榨貧窮的天主教徒們的錢財呢?"利奧十世意識到馬丁·路德對他統治的威脅,於是就把他逐出了教會,並命人焚燒了他的畫像以示懲罰。但是利奧十世到死也沒有為教廷改革作出任何貢獻,教廷仍然在不同政見的對立中搖搖欲墜。
首先,保羅四世開始動手打掃房子。他特別討厭米開朗琪羅在西斯廷大教堂里繪製的大量裸.體人像,於是命人給畫上的人物都添上衣服,這毀了不少藝術珍品。完成這項任務的畫家丹尼爾·達·伏爾特拉(Daniele da Volterra)從此便落得個"畫褲子的"的外號。保羅四世對橫掃天主教世界的改革運動十分惱火,因此他再度點燃了宗教裁判所的熊熊烈火。他經常親自主持針對異端邪教的審判,並對所有向他或他的權力提出質疑的人宣戰。甚至出身行伍的聖徒依納爵·羅耀拉(Ignatius Loyola)一想到觸怒保羅四世的下場也會"全身每一根骨頭都顫抖"。
保羅四世懷著保持正統的強烈願望制訂了《禁書索引》(Index of Forbidden Books),這是思想鉗制史上的一座里程碑,其餘威一直延續到20世紀。索引的頭條目錄禁掉的是荷蘭學者伊拉斯謨的著作和所有不是用拉丁文寫成的《聖經》,而且從薄伽丘到哥白尼等一系列人物全都被及時地請進了後來不斷增加的黑名單,其中哥白尼因為大膽地提出日心說,在此之後的一個世紀里也遭到了教皇烏爾班八世的迫害。