幕後：陸委會當年差點被陳水扁廢掉

馬當局推動當局組織再造終於修成正果，立法院休會前通過當局再造4法，從國民黨遷台以來施行的8部、2會將正式走入歷史。其中，保留陸委會，蒙藏委員會併入，對兩岸關係隱含重大意義。

　　據香港中評社報道，立法院三讀通過行政院組織法修正，行政院所屬組織由現行8部、17會、3署、2局、4獨立機關，精簡為14部、8會、3獨立機關、1行（央行）、1院（故宮）、2總處（主計總處、人事行政總處），共有10個部會遭到裁併。

　　研議超過10多年的行政院組織再造在民進黨時代，原本要把陸委會併入行政院本部，成為幕僚單位，美其名是要提升陸委會層級，實際上則是扁當局去中國化的一環。呂秀蓮2006年9月接受媒體專訪時甚至主張裁撤海基會、廢掉陸委會，另在外交部成立中國司。

　　除此之外，僑委會存廢也經過一番波折，馬當局原本打算把僑委會併入外交部，后因僑界強烈反彈而打住。由於客委會、原民會攸關台灣族群選票的部會最後都保留下來，為了達到精簡目的，最後便把蒙藏委員會併入陸委會。