分解尼龍的基因是從哪裡來的？與在美一方和黑窗帘商討

根據現代達爾文主義，進化是物種突變的積累，產生新的性狀。分解尼龍的基因應該也不例外，那麼這個分解尼龍的基因就應該有他的母本基因進化來的。

然而，我查遍了基因資料庫，沒有一個物種有這個基因（除了含有這兩個質粒的菌株之外），相似序列也沒有。
即使這個質粒的宿主也沒有這個基因的痕迹。


請問，這三個基因從哪裡進化來的？

[ 本帖最後由 研究 於 2008-1-5 01:32 編輯 ]

耶和華早就預料到人類會發明尼龍，所以是早就預備好的，在人類發明尼龍以後適時激活。這樣說您就滿意了吧？

關於這3個基因，文章雖不是海量，也有不少，至少這基因的來源是說得很清楚地，雖然在機理上還有不止一種意見。您自己可以下載來看。

我一非基因專家，二非細菌專家，更不是詭辯術士，所以請恕我不繼續奉陪。

[ 本帖最後由 在美一方 於 2008-1-4 12:26 編輯 ]

At least one of them resulted from frame shit mutation on a strand of repetitive DNA sequence which did not code for functional protein, my understanding.

"the nylB group comes from a frameshift of an internally repetitious gene (so not surprisingly it is novel)"

The one came from frame shit mutation should not have homologous since it is novel. If you are interested, check the following links for detailed discussion:

http://www.nmsr.org/nylon.htm

http://www.talkorigins.org/origins/postmonth/apr04.html

original article on PNAS:

Proc. Natl. Acad. Sci. USA
Vol. 81, pp. 2421-2425, April 1984
Evolution

Birth of a unique enzyme from an alternative reading frame of the
preexisted, internally repetitious coding sequence
(oligomeric repeats/nylon oligomer degrading enzymes)

SUSUMU OHNO

Beckman Research Institute of The City of Hope, Duarte, CA 91010
Contributed by Susumu Ohno, January 4, 1984

ABSTRACT The mechanism of gene duplication as the
means to acquire new genes with previously nonexistent functions
is inherently self limiting in that the function possessed
by a new protein, in reality, is but a mere variation of the
preexisted theme. As the source of a truly unique protein, I
suggest an unused open reading frame of the existing coding
sequence. Only those coding sequences that started from oligomeric
repeats are likely to retain alternative long open reading
frames. Analysis of the published base sequence residing in the
pOAD2 plasmid of Flavobacterium Sp. K172 indicated that the
392-amino acid-residue-long bacterial enzyme 6-aminohexanoic
acid linear oligomer hydrolase involved in degradation of
nylon oligomers is specified by an alternative open reading
frame of the preexisted coding sequence that originally specified
a 472-residue-long arginine-rich protein.

[ 本帖最後由 blackcurtain 於 2008-1-5 04:00 編輯 ]

原帖由 研究 於 2008-1-5 01:29 發表
根據現代達爾文主義，進化是物種突變的積累，產生新的性狀。分解尼龍的基因應該也不例外，那麼這個分解尼龍的基因就應該有他的母本基因進化來的。

然而，我查遍了基因資料庫，沒有一個物種有這個基因（除了含有這兩個質粒的菌株之外），相似序列也沒有。
即使這個質粒的宿主也沒有這個基因的痕迹。

That's exactly the point! Evolution increases information, brand new! Of course you can't find predecessor.

原來的質粒上沒有這個酶，在這個位置上是一段反覆重複的DNA序列（RS2序列）。尼龍酶的產生是源於突變造成的new open reading frame,一個全新的酶產生了。這正是最初作者的point,這基因來源於alternative reading frame of the preexisted, internally repetitious coding sequence.是全新的酶，所以沒有從前的祖先（很自然啊，尼龍是上世紀三十年代才出現的），所以是進化增加信息的最好證明。

看來你是生物口的，看看PNAS那文章一開始，作者就在討論為什麼這種重複序列上，frame shit mutation才能造成長的沒有終止codon的open reading frame.這樣才有可能產生長的（300多氨基酸）新蛋白。在尋常DNA序列上，frameshit mutation很容易就造成一個stop codon，所以通常frameshit mutation是非常有破壞性的。

要點是這是個全新的酶，產生的機制不是在原來有功能的蛋白上點突變，多點突變，deletion or insertionetc.所以，沒有先祖是正常的。

所以是進化增加信息的最好證明。

本來，任何DNA序列的改變，其實原有信息都會改變，只是創造論者的觀點是生物是各從其類造的，最初是完美的，一切突變都是退化或平行變化，不會增加信息，所以進化是不可能的。

這個例子就是為了反駁這一錯誤觀點的。

如果這幾個基因來源於其他蛋白的變異，創造論者就會說，看，還是信息的喪失啊。原來的信息被破壞了。

要是你找到同源蛋白，這個例子的point就徹底丟掉了。

本來要證明的就是：突變/進化可以增加全新的信息！

[ 本帖最後由 blackcurtain 於 2008-1-5 05:19 編輯 ]

呵呵，還是專家強！

專家不敢，只是轉述一下。

原帖由 blackcurtain 於 2008-1-5 04:52 發表


That's exactly the point! Evolution increase information, brand new! Of course you can't find predecessor.

原來的質粒上沒有這個酶，在這個位置上是一段反覆重複的DNA序列（RS2序列）。尼龍酶的產 ...

拜讀，思考，敬仰。我以後基本放棄在這些問題上和耶徒糾纏，太專業了。

不敢當。。。

推薦鳥兄看看CDK007的幾個關於進化的simulation, 估計你會很感興趣。應該是用matlab做的。Fun to watch!

http://www.youtube.com/profile_videos?user=cdk007&p=r

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there are more in his channel...

[ 本帖最後由 blackcurtain 於 2008-1-5 05:18 編輯 ]

原帖由 iamcaibird 於 2008-1-4 13:03 發表
拜讀，思考，敬仰。我以後基本放棄在這些問題上和耶徒糾纏，太專業了。

我認為應該直接放棄和耶徒在任何問題上的糾纏，直接鄙視之就行了。做耶徒的最好面子，大家都鄙視他們，他們覺得抬不起頭來，也就沒意思了。

原帖由 在美一方 於 2008-1-5 02:24 發表

關於這3個基因，文章雖不是海量，也有不少，至少這基因的來源是說得很清楚地，雖然在機理上還有不 ...

我查了NIH資料庫，即使這些質粒的宿主，也沒有相似序列。那麼，這個細菌是如何產生了這些序列？請說清楚。

這哥兒們是不錯。matlab？俺可是大拿

原帖由 研究 於 2008-1-4 15:29 發表
我查了NIH資料庫，即使這些質粒的宿主，也沒有相似序列。那麼，這個細菌是如何產生了這些序列？請說清楚。

原帖由 在美一方 於 2008-1-4 12:24 發表
我一非基因專家，二非細菌專家，更不是詭辯術士，所以請恕我不繼續奉陪。

達爾文徒就是打著科學的旗號來宣揚他們的假說，一旦有人質疑，就暴跳如雷。至於這樣嗎？最後還是讓科學說話吧。雖然專業了點。

原帖由 研究 於 2008-1-4 13:36 發表
達爾文徒就是打著科學的旗號來宣揚他們的假說，一旦有人質疑，就暴跳如雷。至於這樣嗎？最後還是讓科學說話吧。雖然專業了點。

喲，諾貝爾獎提名人又在宗教論壇上出現了，趕快寫個論文把生物界一百年來的「誤解」給澄清了吧，我們炎黃子孫就等著你為我們光宗耀祖了。那天你拿到諾貝爾生物獎在獎台上演講的時候，我正在教堂里受洗。

原帖由 blackcurtain 於 2008-1-5 04:52 發表


That's exactly the point! Evolution increases information, brand new! Of course you can't find predecessor.

原來的質粒上沒有這個酶，在這個位置上是一段反覆重複的DNA序列（RS2序列）。尼龍酶的 ...

用假說來解釋假說，這就是進化論的要害。這篇文章正是重複了這個邏輯。

研究同學，科學上不能解釋的東西太多了。科學有假說。神創也屬於假說。既然都是假說，又何必當真呢
科學是科學，宗教是宗教。和不到一起，標準不一樣。神創憑腦袋「信」，科學靠證據。大家吵到死，也不會有結果。

原帖由 chico 於 2008-1-5 05:49 發表
研究同學，科學上不能解釋的東西太多了。科學有假說。神創也屬於假說。既然都是假說，又何必當真呢
科學是科學，宗教是宗教。和不到一起，標準不一樣。神創憑腦袋「信」，科學靠證據。大家吵到死，也不會 ...

我們所談論正是信仰的冬冬，可是總是有人把進化論說成是科學。是科學當然要有根有據。沒證實得咚咚自然是假說。如果大家都和您的想法一樣，我們也沒什麼爭論的。他信他的進化論，我信我的神。您說是嗎？

假說嘛，就是用來證實或者證偽的，要不怎麼叫假說呢？

如果一個假說既不能證實也不能證偽，那就不再是假說，而是臆說，換句話說，就是胡說。

耶徒老也搞不清楚科學假說是可以證偽的，一次證偽就足夠系統推翻全部結論，耶徒們連一次推翻都做不到，可就是把假說說成假的。你說這叫什麼？

原帖由 鄉下人進城 於 2008-1-5 05:56 發表
假說嘛，就是用來證實或者證偽的，要不怎麼叫假說呢？

如果一個假說既不能證實也不能證偽，那就不再是假說，而是臆說，換句話說，就是胡說。

鄉兄也同意進化論是假說？