1996年11月,在德國慕尼黑市召開的第一屆「世界維吾爾青年代表大會」標誌著該組織的正式成立,第一屆主席為吾買爾·卡那提。其下屬組織「東突厥斯坦青年聯盟」的綱領明確主張「要形成建立強大的地下力量」,人員構成以中國境內外的少數維吾爾族青年人為主。之後,被整合到「世界維吾爾代表大會」這一組織下。世界維吾爾代表大會起於「2004年4月16日至19日在德國慕尼黑市由東土爾其斯坦(維吾爾斯坦)民族大會與世界維吾爾青年代表大會共同召集各東土耳其斯坦組織籌建的領導機構」,而其採用之維吾爾語類型為拉丁維文(ULY、Uyghur Latin Yéziqi)。此組織被中華人民共和國政府視為進行國家分裂運動之組織。