火燒異端和女巫並不是天主教所特有的,而是在新教里也有。加爾文 1553 年在日內瓦就指使人燒死了反對三位一體說的醫生和神學家 M. 塞爾維特,同時也把他的主要著作 "De restituione Christianismi" (重建基督教)燒得只剩下了4本。尤根•德雷維曼在他的《布魯諾》[11] 一書中讓主角說:「偉大的塞爾維特因教會的三位一體說而失敗,他以自己的失敗說明,這條教義究竟是什麼:由神學家們構造的分裂族群的偶像崇拜、強加於人的愚蠢、狹隘的自以為是。」
宗教改革運動的早期也包括馬丁•路德1520年12月10日在維滕貝格的埃爾斯特城門前組織的燒書。這次燒書是馬丁•路德對教皇特使阿良德在羅溫燒他的書的一個反應,同時也是表明與教皇的教會徹底決裂的一個象徵性行為——當時被燒的除了多部神學著作,還有重要的教皇法彙編 Corpus iuris canonici 和教會針對他發布的除教威脅令。史學界正面評價路德的這一行為,並認為這是他「為了他的弟兄得拯救」的良知的決定 [12]。與此前當權者組織的燒書相比,路德的燒書確實有所不同,他是作為一個受到權勢威脅、就是受到天主教會威脅的人來採取這種行動的,並且還必須因為這一行動而擔心自己的人身安全。後來,當自己有了聲望並因此有了權勢的時候,他在對待「走邪路的」和「非信徒」的問題上陷入了同樣的權力思維。他同意迫害並燒死「女巫」,比如,他在1538年8月25日的一次談話中說:「對女巫和女魔術師不能慈悲,我寧可把她們燒死,如同律法中所說得一樣……」 [13] 基督教大部分地區對待猶太人及其聖物的辦法,在路德1543年發表的《關於猶太人及其謊言》一文得到贊同:「……要點火燒毀他們的會堂或學校……要剝奪他們的祈禱書和他們的塔爾木德學者……要用死刑禁止他們在我們這裡公開讚美、感謝上帝,禁止他們祈禱,禁止他們教神學。」 [14]