retro-transposon 插入是隨機的嗎？

近來，論壇上有人大談transposon 的隨機插入。就好像這個假設已經被證實了。非也。transposon 的插入在供體與受體之間要有嚴格限制的---就是同源序列。拿人感染retrovirus 為例，retrovirus 插入人的基因組，必定要插入基因組有LTR 的位點。試想，如果人類進化百萬年，有多少次感染retrovirus 機會？數不勝數。retrovirus 存活和插入的幾率其實很高。但是為什麼在人類基因組裡面只有1000多個LRT呢？所以，transposon 的隨機插入假設是荒謬的。

原帖由 柏桐 於 2007-9-21 21:03 發表

估計黑窗帘同學也不知道. 對於"transposon insertion是隨機的". 很可能是個假設, 還沒有充分的數據.
我不懂分子生物學, 但知道一些大分子(polymer)科學. DNA 是屬於大分子(polymer)的一種. 目前, ...

Transposon 插入不是隨機的，它必須遵循同源識別的規律。據個例子來說，LTR 是retro-transposon，他在轉移時必需轉到有LTR的識別位點上。沒有識別位點的插入是不可想象的。不知黑窗帘有沒有隨即插入的證據。

原帖由 blackcurtain 於 2007-9-18 11:16 發表


另一個重要證據是endogenous retrovirus在genome里的片斷。retrovirus逆轉錄病毒感染宿主細胞后，會複製自己的DNA並把COPY插入到宿主genome里去。這也是一個隨機的過程，插入點是隨機的。同樣，如果是生殖細胞（卵子，精子）被感染並被插入了retrovirus　DNA,這一片斷就會因為成為了GENOME的一部分而被遺傳下來。當後代再次被感染，就可能會出現新的retrovirus　DNA插入點。這樣，考察endogenous retrovirus在GENOME里的位點，也可以知道兩物種是否曾有共同祖先。物種分開后，新產生的endogenous retrovirus　DNA插入點就不會相同了。

我們可以看人類和其他靈長類GENOME里一種逆轉錄病毒位點的比較，我們和所有靈長類有共同祖先，還可以看出親緣的遠近，在進化樹上分開的順序。

humm, cannot paste a figure. Too bad.

Anyway, the point is this is another line of evidence that we share a common ancestor with primates.

[ 本帖最後由 研究 於 2007-9-22 04:58 編輯 ]

您舉的 retrotransposon 這是class I transposon，使用的是copy/paste機制。那Class II 呢？也不能隨機插入么？

只是一個提示，今天沒時間和大家討論。

憋不住啦? 先干要事吧. 這些是吵不完的, 要有耐心.

原帖由 在美一方 於 2007-9-21 21:39 發表
您舉的 retrotransposon 這是class I transposon，使用的是copy/paste機制。那Class II 呢？也不能隨機插入么？

只是一個提示，今天沒時間和大家討論。

我對其他transposon 不感興趣，因為機理尚不十分明確。對retrotransposon 來說，機理是十分明確的，不存在隨機插入的問題。如果在美感興趣，可以另開一個帖子，專門討論Class II 的轉座機制。我也好順便學習以下（用常常的話講，就是「不交學費」嘍）

[ 本帖最後由 研究 於 2007-9-21 23:00 編輯 ]

人類基因組在那裡擺著，每個有一些生物基礎的人都可以去看一看，transposon 到底是否是隨機的。對於class II,我沒有專門研究過。不過說retrotransposon 在人類進化中有何作用，本人不敢苟同。

[ 本帖最後由 研究 於 2007-9-21 22:55 編輯 ]

如果時間允許，我會學習以下Class II transposon. 謝謝在美提醒。

原帖由 研究 於 2007-9-21 22:49 發表
我對其他transposon 不感興趣，因為機理尚不十分明確。對retrotransposon 來說，機理是十分明確的，不存在隨機插入的問題。如果在美感興趣，可以另開一個帖子，專門討論Class II 的轉座機制。

請問 class II transposon 是不是 transposon？如果是，你這帖的題目題目是不是用「Class I transposon 插入是隨機的嗎？」更準確一些？如果本帖討論的就是 transposon，那麼 class II transposon 也是 transposon，那還有必要開新帖么？想開新貼也可以，先把你這帖的題目改成 class I transposon。

再說了，blackcurtain 說隨機插入的時候是專指 class I transposon 嗎？如果 blackcurtain 沒有專指 class I transposon 是隨機插入，那麼跑來用 class I transposon 的插入機制質問 blackcurtain 不就成了攪渾水了嗎？

不過這渾水攪得好像水平低了點兒，連我這個絕對的基因學外行都能看穿。還需要提高一下水平才行哦，是不是？

[ 本帖最後由 鄉下人進城 於 2007-9-21 23:13 編輯 ]

原帖由 鄉下人進城 於 2007-9-21 23:11 發表

請問 class II transposon 是不是 transposon？如果是，你這帖的題目題目是不是用「Class I transposon 插入是隨機的嗎？」更準確一些？如果本帖討論的就是 transposon，那麼 class II transposon 也是 trans ...

好建議。謝謝。

不過黑窗帘的確說過retrotransposon 也參與進化，並隨機插入。

原帖由 鄉下人進城 於 2007-9-21 23:11 發表

再說了，blackcurtain 說隨機插入的時候是專指 class I transposon 嗎？如果 blackcurtain 沒有專指 class I transposon 是隨機插入，那麼跑來用 class I transposon 的插入機制質問 blackcurtain 不就成了攪渾水了嗎？

不過這渾水攪得好像水平低了點兒，連我這個絕對的基因學外行都能看穿。還需要提高一下水平才行哦，是不是？
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看看下貼，你就知道誰在攪混水了。

原帖由 blackcurtain 於 2007-9-18 11:16 發表


另一個重要證據是endogenous retrovirus在genome里的片斷。retrovirus逆轉錄病毒感染宿主細胞后，會複製自己的DNA並把COPY插入到宿主genome里去。這也是一個隨機的過程，插入點是隨機的。同樣，如果是生殖細胞（卵子，精子）被感染並被插入了retrovirus　DNA,這一片斷就會因為成為了GENOME的一部分而被遺傳下來。當後代再次被感染，就可能會出現新的retrovirus　DNA插入點。這樣，考察endogenous retrovirus在GENOME里的位點，也可以知道兩物種是否曾有共同祖先。物種分開后，新產生的endogenous retrovirus　DNA插入點就不會相同了。

我們可以看人類和其他靈長類GENOME里一種逆轉錄病毒位點的比較，我們和所有靈長類有共同祖先，還可以看出親緣的遠近，在進化樹上分開的順序。

humm, cannot paste a figure. Too bad.

Anyway, the point is this is another line of evidence that we share a common ancestor with primates.

[ 本帖最後由 研究 於 2007-9-21 23:34 編輯 ]

原帖由 研究 於 2007-9-21 23:16 發表
好建議。謝謝。

不過黑窗帘的確說過retrotransposon 也參與進化，並隨機插入。

嗯，題目改了，不錯，贊一個。:victory:
不過，我還是要在這裡留個記錄：你這帖原來的題目是
「transposon 插入是隨機的嗎？」
要不然，不明底細的網友會以為是我在無的放矢地胡攪，那可就壞了我的名聲。

太專業，不懂，就看到黑窗帘用的是 endogenous retrovirus，而不是 retrotransposon。究竟這都是什麼玩意兒，我更傾向於聽黑窗帘自己的解釋。

鄉兄在這裡是幫不上什麼忙的，先不管哪一型，大家說的都是和進化有關的那一型，您這毛病挑的「外行」了一點，我對自己不懂的，如德文，就一個字都不「敢」說。

原帖由 在美一方 於 2007-9-21 21:39 發表
您舉的 retrotransposon 這是class I transposon，使用的是copy/paste機制。那Class II 呢？也不能隨機插入么？

只是一個提示，今天沒時間和大家討論。

這又是一個誤導。大家都用過計算機，什麼叫copy/paste？就是你可以任意copy 你的模板，然後粘貼在任何地方。當然你可以隨機粘貼。retrotransposon 卻要求你把轉移的片斷粘在特定的位點。這個copy/paste 是受特定序列限制的。

[ 本帖最後由 研究 於 2007-9-21 23:46 編輯 ]

原帖由 sousuo 於 2007-9-21 23:41 發表
鄉兄在這裡是幫不上什麼忙的，先不管哪一型，大家說的都是和進化有關的那一型，您這毛病挑的「外行」了一點，我對自己不懂的，如德文，就一個字都不「敢」說。

我確實不懂行，不過，class I 和 class II 不是同一個 class，這還能看明白。

原帖由 鄉下人進城 於 2007-9-21 23:34 發表

嗯，題目改了，不錯，贊一個。
不過，我還是要在這裡留個記錄：你這帖原來的題目是
「transposon 插入是隨機的嗎？」
要不然，不明底細的網友會以為是我在無的放矢地胡攪，那可就壞了我的名聲。

我的例子里開門見山舉的就是「retrotransposon」啊。

原帖由 鄉下人進城 於 2007-9-21 23:47 發表

我確實不懂行，不過，class I 和 class II 不是同一個 class，這還能看明白。

他們全都包含在黑窗帘介紹的transposon概念裡面。見主貼。

[ 本帖最後由 研究 於 2007-9-22 00:07 編輯 ]

原帖由 研究 於 2007-9-21 23:49 發表
我的例子里開門見山舉的就是「retrotransposon」啊。

標題都改過了，還哭喊什麼？怎麼著，標題改錯了？

原帖由 鄉下人進城 於 2007-9-22 00:10 發表

標題都改過了，還哭喊什麼？怎麼著，標題改錯了？

沒錯啊，更精確一些。所以謝謝你啊。

[ 本帖最後由 研究 於 2007-9-22 00:14 編輯 ]

原帖由 研究 於 2007-9-21 07:38 發表
retro-transposon 插入是隨機的嗎？
近來，論壇上有人大談transposon 的隨機插入。就好像這個假設已經被證實了。非也。transposon 的插入在供體與受體之間要有嚴格限制的---就是同源序列。拿人感染retrovirus 為例，retrovirus 插入人的基因組，必定要插入基因組有LTR 的位點。試想，如果人類進化百萬年，有多少次感染retrovirus 機會？數不勝數。retrovirus 存活和插入的幾率其實很高。但是為什麼在人類基因組裡面只有1000多個LRT呢？所以，transposon 的隨機插入假設是荒謬的。

聽說有基督徒改錯，甚感驚訝，趕緊忙裡偷閒上來看看。

改成「retrotransposon插入是隨機的嗎？」了，很好。

那就再來一個提示。您題目上現在是retrotransposon，例子舉的是LTR。請問non-LTR的retrotransposon是否包括在你的題目里呢？如果包括了，那麼non-LTR retrotransposon可不可以隨機插入呢？

另，那個copy/paste機制，其中copy 就是要通過RNA的copy，是相對於「移位酶」的cut/paste機制的，和什麼計算機術語不可混淆。到底誰在誤導？

不能再回了，晚上完事了也許能來看看。

原帖由 在美一方 於 2007-9-22 00:14 發表


1。聽說有基督徒改錯，甚感驚訝，趕緊忙裡偷閒上來看看。

改成「retrotransposon插入是隨機的嗎？」了，很好。

2。那就再來一個提示。您題目上現在是retrotransposon，例子舉的是LTR。請問non-LTR的retrotr ...

1。那叫完善，你沒有考慮不周全的時候嗎？
2。LTR 是典型的retrovirus transposon. 也被很多進化論者引為進化論的依據。現在就請說明LTR 在你的隨機copy/paste 機制里是如何隨機copy/paste的吧。科學家一般不拿自己的信譽開玩笑。有請。
3。至於你提的其他transposon 的機制請你另開貼討論。