在17世紀的傳教同化策略失敗后,類似的教育方案直到1820年間才再度啟用,並受官方批准。這個時期最早建立的寄宿學校包括由英國國教派傳教士在紅河(Red River Colony,今曼尼托巴省),以及新教傳教士在今日安大略省區域所建立的學校。這些學校被用來傳授基督宗教與工作文化,鼓勵原住民學童採納自給自足的農業生產活動,以確保、勸導他們畢業后不再回歸原來游牧生活。
雖然許多早期建立的學校營運時間不長,同化政策仍然持續。其中營運歷史最悠久的莫霍克印地安人寄宿學校(Mohawk Institute Residential School)於1834年啟用,建立於大河六國(Six Nations of the Grand River)原住民保留區(近安大略布蘭特福德城),由英國國教會管理。該校創校初期只招收男童並為日間(非寄宿)學校,在四年後才改為印地安人寄宿學校並招收女學生,至1970年6月才正式關閉。
對於加拿大原住民的同化政策早在帝國殖民主義時期紮根。這個強制的校系統從1876年開始實行至1996年最後一所寄宿學校關閉,時間長達120年。殖民主義的表態包括殖民者透過歐洲世界觀、文化角度、以及用發現學說的角度佔領原住民土地。據加拿大真相與和解委員會(TRC)的報告解釋:「這些以歐洲文化與殖民者角度出發的論點背後,是殖民者視自己為文明代表,認為殖民能為蠻夷帶來文明」。意即,「文明的使命」是建構於殖民者的種族和文化優越感。」。印第安寄宿學印地安人寄宿學校對於原住民學童造成的創傷包括強制分離原生家庭,扼殺族語及先人文化,以及各種肢體攻擊和性虐待,並強制剝奪其原住民身份(以提供公民權的美名)。該政策倡導強制分離原住民幼童與家庭部落,在百年後由真相與和解委員會(TRC)歸類為文化種族滅絕的行徑,歷史學家約翰·S·米羅伊(John S. Milloy)也表達該系統的目的等同於「抹殺孩子人格中的印地安文化認同」。印地安寄宿學校系統強調沉浸式的文化學習,多數學校禁止或嚴懲學童講母語或進行任何原住民信仰崇拜,以達成「教化」。學童被迫斷絕自己與家庭和文化的連結,並被強制說英語或法語。 從寄宿學校畢業的原住民學生往往陷入既無法成功融入加拿大社會也無法回歸部落文化的處境。最終,此寄宿學校系統不可逆的破壞了原住民族文化和信仰的傳承。此後果被視為與近代原住民族日見頻繁的創傷后壓力心理障礙、酗酒、藥物濫用和高自殺率具有直接關係。
2008年6月11日,加拿大前總理斯蒂芬·哈珀公開為加拿大政府及下議院中的各聯邦領導人在過去對原住民族的種種迫害表達道歉。在總理髮言的九天前,原住民成立真相與和解委員會(Truth and Reconciliation Commission),渴望政府正視並揭露關於寄宿學校的歷史與真相。該委員會經由公開與私人會議搜集全國各地寄宿學校倖存者的宣言並在2008至2013年期間舉行七場全國性活動以紀念並倡導關於寄宿學校的歷史。TRC在2015年正式建立國家真相與和解中心,並出版多份報告,詳細紀錄倖存者的敘述與相關歷史文件。真相與和解委員會的報告認定原住民寄宿學校系統應被歸為一項種族文化滅絕的惡行。2018年,加拿大總理賈斯汀·特魯多在紐芬蘭對當地的原住民進行道歉,由於1949年以前紐芬蘭不屬於加拿大,所以前幾屆加拿大政府拒絕對紐芬蘭的原住民寄宿學校發生的慘劇道歉。
學校底下的215具孩童遺骨: 2021年5月27日,加拿大原住民團體「Tk'emlups te Secwepemc First Nation(注)」的主席卡西米爾(Rosanne Casimir)宣布,他們在英屬哥倫比亞省(British Columbia)的甘露市印地安寄宿學校(Kamloops Indian Residential School)發現一座大型的亂葬崗,底下埋了 215具孩童的遺骨。