「下一代」測序技術（"Next-generation" sequencing technology）

高通量測序技術（High-throughput sequencing）又稱「下一代」測序技術（"Next-generation" sequencing technology），已能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標誌。下一代測序技術是一系列測序技術的總稱，不同的公司都出了一些相關的測序儀器，原理也都不相同。

名詞解釋

根據發展歷史、影響力、測序原理和技術不同等，主要有以下幾種：大規模平行簽名測序（Massively Parallel Signature Sequencing, MPSS)、聚合酶克隆（Polony Sequencing）、454焦磷酸測序（454 pyrosequencing）、Illumina (Solexa) sequencing、ABI SOLiD sequencing、離子半導體測序（Ion semiconductor sequencing）、DNA 納米球測序 （DNA nanoball sequencing）等。

高通量測序技術是對傳統測序一次革命性的改變，一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定，因此在有些文獻中稱其為下一代測序技術(next generation sequencing)足見其劃時代的改變，同時高通量測序使得對一個物種的轉錄組和基因組進行細緻全貌的分析成為可能，所以又被稱為深度測序(deepsequencing)。

實驗過程

1.樣本準備（sample fragmentation）
2.文庫構建(library preparation)
3.測序反應(sequencing reaction)
4.數據分析(data analysis)[1]

測序平台

自從2005年454 Life Sciences公司（2007年該公司被Roche正式收購）推出了454 FLX焦磷酸測序平台（454 FLX pyrosequencing platform）以來，因為他們的拳頭產品毛細管陣列電泳測序儀系列（series capillary array electrophoresis sequencing machines）遇到了兩個強有力的競爭對手，曾推出過3730xl DNA測序儀（3730xl DNA Analyzer）的Applied BioSystem（ABI）這家一直佔據著測序市場最大份額的公司的領先地位就開始動搖了，一個就是羅氏公司(Roche)的454 測序儀(Roch GS FLX sequencer)，，另一個就是2006年美國Illumina公司推出的Solexa基因組分析平台（Genome Analyzer platform），為此，2007年ABI公司推出了自主研發的SOLiD 測序儀(ABI SOLiD sequencer)。這三個測序平台即為目前高通量測序平台的代表。

技術應用

測序技術推進科學研究的發展。隨著第二代測序技術的迅猛發展，科學界也開始越來越多地應用第二代測序技術來解決生物學問題。比如在基因組水平上對還沒有參考序列的物種進行從頭測序（de novo sequencing），獲得該物種的參考序列，為後續研究和分子育種奠定基礎；對有參考序列的物種，進行全基因組重測序（resequencing），在全基因組水平上掃描並檢測突變位點，發現個體差異的分子基礎。在轉錄組水平上進行全轉錄組測序（whole transcriptome resequencing），從而開展可變剪接、編碼序列單核苷酸多態性（cSNP）等研究；或者進行小分子RNA測序（small RNA sequencing），通過分離特定大小的RNA分子進行測序，從而發現新的microRNA分子。在轉錄組水平上，與染色質免疫共沉澱（ChIP）和甲基化DNA免疫共沉澱（MeDIP）技術相結合，從而檢測出與特定轉錄因子結合的DNA區域和基因組上的甲基化位點。

意義

高通量測序技術的誕生可以說是基因組學研究領域一個具有里程碑意義的事件。該技術使得核酸測序的單鹼基成本與第一代測序技術相比急劇下降, 以人類基因組測序為例, 上世紀末進行的人類基因組計劃花費 30 億美元解碼了人類生命密碼, 而第二代測序使得人類基因組測序已進入萬(美)元基因組時代。如此低廉的單鹼基測序成本使得我們可以實施更多物種的基因組計劃從而解密更多生物物種的基因組遺傳密碼。同時在已完成基因組序列測定的物種中, 對該物種的其他品種進行大規模地全基因組重測序也成為了可能。