雨花殿兩側有鐘樓、鼓樓;大雄寶殿正中置明代釋迦牟尼青銅像,重13噸,連座高6.8米。兩側列坐18尊元代所雕的楠木羅漢,殿後有慈航普渡群像。
殿左又有一小庭院,入圓門,有六角攢尖頂「梅亭」。亭對面紅牆下石台上有古梅一株,牆上有石刻隸、篆、楷書「隋梅」各一。隋梅為國清寺一絕,據說為國清寺第一任住持章安灌頂禪師手植,至今已歷1400多個春秋。主幹枯而復生,枝椏崢嶸。鄧拓有《題梅》詩一首,曰:「剪取東風第一枝,半簾疏影坐題詩;不須胭粉添顏色,猶憶天台相見時。」
觀音殿東有「錫杖泉」,並有碑文記:「宋僧普明坐禪於此,因寺內取水不便,以錫杖頓地曰:『此處當有泉!』水即湧出,故名。」
東一軸線依次為聚賢堂、說法堂(即方丈樓)、迎塔樓。東二軸線為客堂、禪堂、修竹軒。
西一軸線依次為魚樂園、安養堂、三聖殿、妙法堂(上為藏經樓)。魚樂園放生池西邊豎一塊高約2米的石碑,上刻「魚樂園」三個大字,為明代書法家董其昌手書。池旁有一小亭,曰「清心亭」,飛檐翹角,內有石桌石凳,亭柱楹聯書:「石上清泉松間明月,山光鳥性潭影人心」。
三聖殿內有三尊樟木雕的丈六金身的西方三聖立像,正中是阿彌陀佛,左首是觀音菩薩,右首是大勢至菩薩。三聖殿東側有獨筆「鵝」字石碑,黑底紅字。獨筆鵝字廬山藏鵝洞有、武昌黃鶴樓有、紹興蘭亭鵝池有,但國清寺的獨筆鵝字碑字分兩半,但又渾然一體。實際上,這個獨筆鵝字出自兩人手筆。右半邊是王羲之的真跡,左半邊是天台曹掄選補寫的。
妙法堂單據三層,面寬五間。樓下為法堂,橫匾書「妙法堂」,是講經說法和舉行佛事活動的地方,堂內潔凈寬敞,正中置一精緻講座,上懸「台宗講席」紅底金字橫匾,下掛智者大師水墨畫像。每當夜晚,紅燭高燃,鐘鼓齊鳴,僧眾在此聽講念經。陳從周於1980年寫《國清寺夜半參佛事》詩:「暫別塵寰事,空山叩寺門;萬松人俱寂,月下幾鐘聲。」樓上是藏經閣,珍藏著雍正欽賜佛經及智者遺物、貝葉經、宋僧元通所寫《大方廣陀羅尼經》。妙法堂東有三尊者殿,殿內所祀即唐代著名詩僧寒山、拾得、豐干。
西二軸線:前面是伽藍殿。正中是羅漢堂,
1990年3月在興建五百羅漢堂開挖基地時,挖出了北宋時期的鑄幣「銅鈿」、瓷碗。銅鈿上鑄有「崇寧重寶」四字;瓷碗釉澤光亮。環羅漢堂前後左右皆為碑廊。對面廊壁嵌石書「大中國清之寺」,應即柳公權所書,但碑已殘。後面是玉佛閣。供奉有台灣法濟寺慧岩法師從緬甸請來的玉佛。玉佛,是一尊釋迦牟尼坐像,高達1.3米,重達320公斤。佛像雕刻工藝精細,形象逼真,法相莊嚴,栩栩如生。