李自成山海關失利,敗退北京后,開始曾打算據守北京。經再三斟酌,決定放棄北京,主動西撤。原因是大順軍在北京地區沒有足夠的增援兵力,清軍一旦圍城,大順軍兵將可能成為瓮中之鱉。此時,城內百姓眼見大順軍敗陣而回的狼狽景象,謠言四起,潛在的敵對勢力蠢蠢欲動,在此情況下,李自成於29日在北京匆匆舉行登基典禮后,即刻率部西撤。撤離時下令焚毀明代宮殿和各門城樓。
清軍在山海關地區短暫休整後向北京進發。4月30日,多爾袞在薊縣獲悉大順軍已經撤離北京,命令多鐸,阿濟格和吳三桂率清軍火速追擊,以窮追猛打進一步重創大順軍,奪取被大順軍運走的金銀財物。多爾袞自己率領部分兵力於5月2日進入北京。北京城裡的官紳百姓並不知道吳三桂已經降清,紛紛傳說吳軍殺敗大順軍,奪回明太子朱慈烺,即將送回北京即位,準備了皇帝的法駕鹵簿出城迎接。不料迎來的是昂然而來的多爾袞,大為驚訝之下不少人偷偷溜走,也有部分官員將錯就錯把多爾袞迎進武英殿,拜倒在其腳下。
5月8日,清軍在慶都追上大順軍。李自成命令部下谷英阻擊,被清軍擊敗,谷英被殺。接著,清軍在真定再次殺敗大順軍。大順軍在畿輔喪失立足之地,只得退入山西,以精兵扼守固關。追擊的清兵於5月12日返回北京。
京師二度易手,在明朝官紳里造成重大影響。大順軍佔領北京時,明朝官紳大多申請留用,與此相反,清兵入京后,大多漢族官紳因為民族隔閡不願出仕清朝,紛紛南下。清廷為爭取漢族縉紳勢力支持,採用靈活政策,明顯比大順政權和隨後建立的南明弘光政權技高一籌。大順政權的追贓助響,南明弘光政權的追究南逃官紳曾經投降大順政權的「順案」,都使得很多官紳心灰意冷大失所望,因而另尋出路。多爾袞進京后,採納范文程,洪承疇等漢族官僚的建議,為了得到漢族官紳地主的支持,他以為明帝復仇討賊為標榜,先下令京城官民為崇禎帝服喪三天,以爭取民意。同時,多爾袞不拘一格徵用前朝官員,唯才是用,不論是明朝官員還是大順政權官員,也無論是明朝政權內部的東林-復社黨人還是魏忠賢閹黨等敵對派別,只要有才,又願意歸附清廷,一律官復原職,甚至加官晉級。多爾袞還經常命令降清的漢族官員舉薦人才,形成門生舊友相率入朝的熱鬧局面。明朝中葉以來,縉紳勢力膨脹,成長為各地舉足輕重的社會力量。多爾袞兼容並蓄,求賢若渴的方針策略,為快速奠定清朝在關內的統治起到了至關重要的作用。
在經濟上,多爾袞也實行維護官紳地主利益的政策,將被起義農民奪去的田產一律歸還原主。同時規定各地所征田賦一律按萬曆年間標準,廢除崇禎年間加征的遼餉,剿餉和練餉。又對明朝的衛所制度進行改革,把衛所軍士改為屯丁,遇有缺額永不勾補。多爾袞有鑒於明朝不顧人民死活橫徵暴斂終於導致自身覆亡的教訓,有意減輕百姓負擔,他的政策對於穩定人心,使流離失所的人口與荒廢的土地逐步重新結合起來,起到了積極作用,為以後社會生產的恢復和發展創造了比較有利的條件。
清廷佔領北京初期所採取的措施,在相當程度上改變了漢族居民對於清軍之前三次深入內地時屠殺擄掠的殘暴印象,尤其是對於漢族官紳招徠有方,不僅使得清廷迅速在畿輔及附近地區站穩了腳跟,也為之後征服全國奠定了基礎。
大順軍在山海關戰役中失敗的消息傳開后,原大順政權管轄區內的明朝官紳乘機糾集兵力發動叛亂,推翻當地的大順政權。叛亂的官紳以明朝為正統,他們對於山海關戰役和清軍入京的詳情並不了解,只知道大順軍被吳三桂殺敗,有的稍聞清軍入關,以為只是吳三桂借用清方兵力。因此,他們打的旗號多是「擒賊復明」。
大順軍撤入山西之後,清軍也停止了追擊,返回北京休整,其間有大約一個月沒有採取軍事行動,當時清軍所佔地方只是京師附近一帶。但李自成沒有乘機坐鎮太原,抓緊從陝西等地調集軍隊入晉,以加強山西防務;而是如驚弓之鳥,帶領劉宗敏等高級文武官員率主力繼續一路向西,於6月初渡過黃河,返回西安。清軍佔領畿輔地區后,山西原本成為大順政權與清廷對峙的前線,李自成不戰而退是他對於清廷心生恐懼的表現。
5月10日,一度投降大順政權的明朝大同總兵姜瓖叛變,先以「復明」為號召,后歸附清廷。之後唐通(就是最初被李自成派去山海關勸降吳三桂的原明朝降將)在晉,陝交界地區發動叛亂,進而投降清廷多爾袞。唐通原奉李自成命令鎮守同陝西相鄰的軍事要地保德州,由於他的叛變,不僅使得山西北部全部淪入清廷之手,而且由於唐軍佔領了府谷,黃甫川,清水營和佳縣一帶,在黃河西岸的陝西也建立了據點,直接威脅到大順政權的陝北防務。李自成對唐通的叛變極為憤怒,下令把唐通的母親和兒子處死。
從1644年到1645年,僅僅一年之中,原歸附大順的明朝舊將幾乎都叛變投降清廷,這對於整個局勢的逆轉起到至關重要的影響。李自成的嫡系部隊原本不如清軍八旗兵將能征慣戰,對於投降大順的原明朝將領應該授予高官厚祿儘力籠絡,並改編其軍隊,在使用降將時候,應該以嫡系大將統領精兵為主,降將為輔,可惜李自成對此經驗警惕不足,經常任用剛剛投降大順的明朝將領率原部兵馬獨擋一面,導致風向一轉就叛亂四起,終至土崩瓦解。(待續)