乾隆末年,福建漳、泉一帶屢遭水災,糧價昂貴,飢民流離失所,相率入海為盜。至嘉慶初年,東南沿海一帶的海盜活動已呈燎原之勢。海盜們分幫結伙,遍佈於閩、浙、粵沿海,並逐漸由零星分散的海盜團伙結成了有組織的海盜大幫,由海上搶劫演變為海盜與清軍水師的直接衝突,海盜團伙或掠奪商船,劫人取贖;或私設稅局,徵收洋稅;甚至於搶劫前來貿易的外國商船。當時大大小小的海盜中,名號最響的是蔡牽,蔡牽有船百餘艘,其中一半以上是大船,其船隊馳騁閩浙沿海,閩浙水師無不為之望洋興嘆。
蔡牽(1761年—1809年),廈門同安人。家境貧寒,幼喪父母。乾隆59年(1794年)因飢荒而下海為盜。蔡牽的船幫馳騁於閩、浙、粵的洋麵,劫船越貨,封鎖航道,坐收「出洋稅」,沒有他的令旗,商船休想平安通行於台灣海峽。他還攻打台灣鹿耳門,洗劫官倉里的幾千石糧食,用來周濟他的會幫,並舉起反清復明的旗號,佔據滬尾(今台北縣淡水鎮),奉明正朔,建元「光明」,祭告天地,散札設官,自稱「鎮海威武王」,朝野為之震動。蔡牽不僅屢次打敗閩浙兩省水師,還擊斃了東南海疆視為軍神的浙江水師提督李長庚,海上聲威不可一世。
嘉慶年間閩浙水師與海盜之戰,可謂步步驚心。當時閩浙沿海的海盜集團大多歸附蔡牽,有戰船數百艘,後面還有著安南國際海盜集團的支援,由此稱霸海上。與之相比,閩浙水師的戰船破舊而笨重,無法牽制和攻擊蔡牽船隊。為對抗蔡牽海上武裝集團,浙江的官商出銀10萬兩,(1801年)交浙江水師提督李長庚造「霆船」大艇,又鑄巨炮四百餘門置於「霆船」,嘉慶6年「霆船」造好后,終於有了可以與蔡牽船隊一較高下的本錢。然而道高一尺,魔高一丈,蔡牽為抗衡閩浙水師及遠航外海,用重金向閩商定製購買高於清軍「霆船」的大船,因此重獲閩浙沿海的制海權。嘉慶9年(1804年)夏,蔡牽劫得台灣大米數千擔,並以一部接濟朱濆「粵海幫」,使其幫首朱濆與之聯手,以80余艘大船突襲閩海,朝野為之震驚。在這次突襲中, 金門總兵吳奇貴、閩安水師副將張世熊因躊躇不前,遭革職拿辦,被判以「斬監候」罪。許松年接替吳奇貴署理金門總兵后,則成了蔡牽海盜集團的致命殺手。嘉慶12年(1807年)11月,李長庚船隊與蔡牽海上武裝在福建霞浦浮鷹洋麵相遇,許松年率先跳上海匪船隻,生擒海匪頭目王澤等50人。翌年夏,蔡牽再次與朱濆聯手,率領50余艘戰船再次進入閩浙海域,劫掠商船。浙江巡撫阮元用離間之計,致使朱濆再次脫離蔡牽而單獨去廣東。行至金門時遭金門鎮總兵許松年阻擊,許松年直追至廣東長山尾洋麵,擊斃朱濆,除去了除蔡牽之外的另一海洋大盜,許松年因獲賞戴花翎並賜雲騎尉世職。嘉慶年間還有曾任過金門總兵羅江泰,在一次閩浙八總兵於定海北洋至盡山海域會剿蔡牽時,直追蔡牽至盡山海域,其時海面台風驟發,波浪滔天,戰船接連顛覆相觸,頃刻破碎,羅江泰大船帆重難下,風雨中傾覆隨波演沒,葬身波濤。朝廷遂令沿海各省尋找羅江泰遺骸,久之不得,以衣冠還葬其故鄉黃岩。
嘉慶14年(1809年),閩浙水師在新任浙江水師提督金門人邱良功、福建水師提督王得祿率領下,集兩省水師會剿蔡牽。在合擊蔡牽於黑水洋時,邱良功深恐蔡牽走脫,採取「分船隔攻」的近戰戰術,即將蔡牽船隊分別包圍,使其無法互相應援,並集中圍攻蔡牽座船。邱良功首先逼近蔡船,並進行衝撞,蔡牽即以碇猛擊邱船,並與清軍跳幫血戰,以長矛刺穿了邱良功的小腿。時把總陳步雲駕小舟沖向蔡牽坐船,急燃火罐投蔡牽舟,並乘機以長戟鉤其船舷,然後率數卒躍上蔡船進行肉搏,擒殺蔡牽屬將陳盻、劉水和蔡牽之妻等,蔡牽不敵,發炮自裂座船,與妻小及部眾250餘人沉海而死,其狀慘烈之極。消滅蔡牽、朱濆海上武裝集團,使得閩浙水師亦是清廷水師迎來了最值得誇耀的時期。
蔡牽死後,閩浙沿海大團伙海盜活動的時代也告落幕。