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8株冠狀病毒在全球範圍內傳播, 科學家能從中得到什麼線索？

作者：fastest  於 2020-3-28 05:20 發表於 最熱鬧的華人社交網路--貝殼村

通用分類:熱點雜談

至少有八種冠狀病毒在全球範圍內傳播，造成了死亡和疾病的蹤跡，科學家正在通過其遺傳足跡對其進行追蹤。
儘管尚不清楚，但隱藏在病毒獨特的微觀片段中的線索可能是其原始菌株的起源，突變時的行為方式以及哪些菌株變成了大火，而其他病毒則由於隔離措施而滅絕。
A map of the main known genetic variants of the SARS-CoV-2 virus that causes COVID-19 disease. The map is being kept on the nextstrain.org website, which tracks pathogen evolution.
擁擠在曾經繁華，現在幾乎空無一人的實驗室中，負責數十個項目的研究人員專註於一個目標：跟蹤當前導致COVID-19疾病的SARS-CoV-2病毒株。
世界各地的實驗室都在將他們的測序儀（大多數與台式印表機一樣大）轉向快速測序從COVID-19患病人群中獲取的病毒樣品基因組的任務。該信息被上載到一個名為NextStrain.org的網站，該網站顯示了病毒如何遷移並分裂為相似但新的亞型。
調查：聯邦衛生官員如何誤導各州並破壞收容的最佳機會。
儘管研究人員警告說，他們只是看到了冰山一角，但病毒株之間的微小差異表明，就地庇護所命令在某些地區起作用，並且沒有一種病毒比另一種更具致命性。他們還說，隨著它們的進化，這些菌株似乎不會變得更具致命性。
加利福尼亞大學舊金山醫學院的醫學和傳染病學教授查爾斯·邱（Charles Chiu）說：「病毒突變如此緩慢，以至於病毒株在本質上彼此非常相似。」
SARS-CoV-2病毒最初在11月中旬至12月中旬之間在中國引起疾病。它的基因組由大約30,000個鹼基對組成。相比之下，人類擁有超過30億。到目前為止，即使是在病毒中最有差異的菌株中，科學家也發現只有11個鹼基對發生了變化。
Chiu說，這使得在發現新的血統時很容易發現它們。
「疫情是可以追蹤的。我們幾乎可以實時進行基因組測序，以了解正在傳播的菌株或譜系。」他說。
到目前為止，美國西海岸的大多數病例都與華盛頓州首次發現的毒株有關。特雷弗（Trevor）爆發初期所做的工作顯示，它可能來自一名男子，他曾在中國武漢作為該病毒的震中，並於1月15日返回家中。與最初的武漢毒株僅相距三個變異。貝德福德（Bedford）是西雅圖醫學研究中心弗雷德·哈奇（Fred Hutch）的計算生物學家。
他說，在東海岸，有數種毒株，包括來自華盛頓的毒株和其他似乎已從中國轉移到歐洲，然後到紐約及其他地區的毒株。
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當心漂亮的系統樹
這不是科學家第一次在流行病中爭先恐後地對病毒進行遺傳分析。他們與埃博拉（Ebola），寨卡（Zika）和西尼羅河（West Nile）做到了這一點，但科學界以外的人都沒有給予太多關注。
「這是系統進化樹首次出現在Twitter上，」位於加利福尼亞州拉荷亞的非營利性生物醫學科學研究機構Scripps Research的教授克里斯蒂安·安德森（Kristian Andersen）說，這些圖顯示了不同菌株之間的進化關係。有機體。
可以在NextStrain上找到這些地圖，NextStrain是科學家的在線資源，它使用來自世界各地的學術，獨立和政府實驗室的數據直觀地跟蹤SARS-CoV-2病毒的基因組。目前，它代表了來自六大洲36個國家/地區的菌株的遺傳序列。
雖然這些地圖很有趣，但它們也可能「危險很小」。顯示病毒進化的樹木非常複雜，即使專家也很難從中得出結論。
「請記住，我們對大流行病的了解很小。目前，我們已描述了50萬例病例，但可能已測序了1000個基因組。因此，我們缺少許多血統。」他說。
冠狀病毒的基礎知識：隨著美國成為COVID-19的新中心，您需要了解的信息
不同的癥狀，相同的菌株
COVID-19對人的打擊方式有所不同，有些人一天的天氣略微感到不適，有些人病倒地背平了兩個星期，約有15％的人住院。目前，估計有1％的感染者死亡。該比率因國家/地區而異，專家表示，這很可能與測試比率有關，而不是實際死亡率。
Chiu說，差異似乎不太可能與人們感染了不同病毒株有關。
他說：「目前的病毒株在根本上仍然非常相似。」
COVID-19病毒不會很快突變。安德森說，這樣做的速度比流感病毒慢八到十倍，使其進化速度與其他冠狀病毒類似，例如埃博拉，嚴重急性呼吸系統綜合症（SARS）和中東呼吸系統綜合症（MERS）。
人們也不希望它自發地演變成比人類已經致命的形式。安德森說，SARS-CoV-2非常擅長在人類宿主之間傳播，它沒有進化的進化壓力。
在加利福尼亞工作的庇護所
Chiu的分析顯示，加州嚴格的庇護所努力似乎正在奏效。
在過去兩周中，他位於舊金山的實驗室對50個SARS-CoV-2病毒基因組進行了測序，其中一半以上與來自該州以外的旅行有關。另有30％與醫護人員和感染該病毒的人的家庭有關。
「只有20％來自社區內部。它沒有廣泛傳播。」他說。
他說，這真是個了不起的消息，表明該病毒由於社交距離遙遠而無法獲得重要地位。
趙說，這就像一場野火。一些火花可能會從火上飛下來，降落在草地上並引發新的大火。但是，如果撲滅了大火，並且燃盡了餘燼，就可以殺死整個火株。在加州，Chiu看到許多火花撲面而來，其中大部分來自華盛頓，但很快就被撲滅了。
一個例子是舊金山東北部的索拉諾縣的一小群病例。 Chiu的研究小組對該病毒進行了遺傳分析，發現該病毒感染了那裡的患者，並發現該病毒與來自中國的一種毒株關係最密切。
同時，他的實驗室正在對矽谷聖塔克拉拉市的一小堆案件進行排序。他們發現那裡的病人與索拉諾縣的病人相同。 Chiu認為該集群中的某人與最近從亞洲回來的旅行者有聯繫。
他說：「這可能是始於聖塔克拉拉（Santa Clara）的火花的一個例子，可能已經到索拉諾縣（Solano County），但後來停了下來。」
他說，這種病毒可以被阻止。
中國是個未知數
到目前為止，除了11月中旬至12月中旬之間首次出現在武漢市的事實以外，研究人員還沒有太多有關中國內部病毒基因組學的信息。
該病毒的初始序列於1月10日由上海公共衛生臨床中心的張勇珍教授發表。但是邱說，科學家們不知道中國是否存在一種或更多的毒株。
Chiu表示：「可能是因為他們沒有處理很多案件，或者可能是出於政治原因，他們沒有被提供。」 「很難解釋數據，因為我們錯過了所有這些早期壓力。」
英國的研究人員對在華南廣東的旅行者中發現的病毒基因組進行了測序，發現這些患者的菌株涵蓋了全球範圍內傳播的菌株。
「這可能意味著我們在中國境外看到的幾種菌株最初是從原始菌株那裡進化而來的，或者有多個感染系。很難知道。」
冠狀病毒有一種新癥狀，醫生說：突然失去氣味或味道
該病毒不是來自實驗室
儘管仍然存在許多有關COVID-19疾病爆發軌跡的問題，但科學界已廣泛接受了一件事：該病毒不是在實驗室中產生的，而是在動物宿主中自然進化的。
SARS-CoV-2的基因組分子結構（認為是病毒的骨架）最接近於蝙蝠中發現的冠狀病毒。根據本月早些時候在《自然醫學》雜誌上發表的一篇論文，其結構的一部分也類似於鱗片食蟻獸中發現的病毒。美國國立衛生研究院所長弗朗西斯·柯林斯（Francis Collins）在一篇隨文章發表的社論中寫道，製造一種針對人的病毒的人本來會是一種攻擊人類的病毒。安徒生是該論文的主要作者。他說，這可能是一次性的。
「這可能是一次事件，從一隻動物到一個人，」然後從那裡傳播開來。

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