袁世凱在北京就任大總統,孫中山被任命為鐵路督辦。按理說革命大業已成,接下來憲政磨合運行問題完全可以隨它自然生長。但孫中山從一開始就設計了一個《臨時約法》來捆住袁世凱手腳,讓他什麼事都幹不成(參見張博樹: 「百年國恥」的背後——中國近代史再梳理(上) l 中國戰略分析zhanlve.org/?p=7571)。總統做任何決定都要由議會贊同才能施行。袁世凱繞開議會自行決定了一次向列強借款事宜,並被懷疑指使趙秉鈞刺殺了宋教仁(宋教仁是臨時約法和內閣制政體的主要設計者,按國民黨當時取得國會多數席位的選舉結果,宋教仁應該出任內閣總理,對虛位總統袁世凱構成了權力威脅),但這個懷疑至今都無法證實,後世也有認為趙秉鈞自行其是或陳其美指使的。孫中山不聽黃興用和平方式和法律手段抗爭的勸告,馬上發動了二次革命要打倒總統(此時民國才成立一年),而不是回到議會和憲政框架去「糾正」袁世凱。袁世凱也與孫中山較勁,孫提的廣東至廣西的鐵路方案也被袁否決。總統與議會之爭夾雜著府院之爭再次演變為武力衝突。