2021 年 6 月 11 日,我給石正麗發了一封電子郵件,其中列出了與 SARS-CoV-2 起源相關的重要問題清單。我沒有收到任何答覆。最後更新:2021 年 7 月 6 日。
親愛的石正麗,
這些持續的時間可能給你帶來了很大的壓力,我想在目前的情況下情況一定非常困難。我真誠地希望你能很好地應對它。正如最近的科學信件所示,目前科學界的許多人對世衛組織-中國聯合報告的結論並不滿意,並要求進行更徹底的調查,以解開 SARS-CoV-2 是如何傳播到人類的疑問。為了結束關於病毒可能的實驗室起源的討論,我認為澄清以下幾個要素很重要。也許你可以在這個過程中提供幫助。
2012 年 4 月,在(雲南)墨江的一個廢棄礦山清除蝙蝠鳥糞后,六名男子感染了具有 COVID-19 樣癥狀的嚴重肺炎。所有人都被送往昆明醫院,最終三人死亡。2012 年,這些患者的未指明樣本被送往不同的實驗室,包括武漢病毒研究所(WIV)。您最近宣布WIV 再次檢測了血清樣本。
為什麼這六名礦工在 2012 年 4 月被派往礦山清理鳥糞?誰雇了他們,把他們都送到同一家昆明醫院?
為什麼除了去年 11 月的《自然》附錄外,WIV 的任何科學研究文章中都沒有提到這些致命的肺炎病例?
從這六名患者身上採集了哪些樣本並送往 WIV?這些樣品中的任何一個是否仍可用於獨立分析?
是否從患者樣本中分離出任何類似 SARS 的冠狀病毒,或者是否通過 RT-PCR 獲得了任何 RdRP 或刺突序列?
是否可以向世衛組織提供三名倖存礦工的血清樣本,以便更好地了解這些礦工在何種情況下生病以及他們的確切病理是什麼?
你說武漢病毒所病毒資料庫在大流行期間下線。然而,關鍵的蝙蝠病毒資料庫於 2019 年 9 月下線,距離正式爆發日期還有三個月。
您能否提供有關資料庫關閉原因的更多詳細信息?
是否可以與選定的專家科學家共享截至 2019 年 9 月的所有資料庫?
2020年年中,對應中文期刊網站「中國科學數據」將描述關鍵資料庫(數字對象標識符:10.11922/csdata.2019.0018.zh)的科學論文下線的原因,您是否有任何信息?
您是否知道,甚至描述資料庫的「中國科學數據」的完整網站在 2021 年 3 月至 4 月也無法訪問?
2013 年在墨江礦採集的蝙蝠冠狀病毒(「RaTG13」)是一種與 SARS-CoV-2 關係最密切的病毒。2020年7月在接受科學採訪時,你說:「Ra4991」更名為「RaTG13」,該病毒並不是孤立的,並且「沒有更多的樣本」,所以沒有進一步的排序是可能的。不幸的是,根據提供的原始數據,無法組裝RaTG13 基因組序列。
RaTG13 基因組序列是如何組裝的,5' 端序列是如何確定的?
正如附錄似乎表明的那樣,您的文章是否將「Ra4991」重命名為「RaTG13」 ,或者這兩種病毒在某些區域(例如刺突蛋白)上是否存在差異?
RaTG13 樣品何時完全耗盡?
為什麼一些RaTG13 擴增子的 日期為 2017 年 6 月,並命名為「7896」,這是在同一個礦井中收集的另一種密切相關病毒的名稱?
由於行數據包含低水平的細菌序列,RaTG13 是從支氣管肺泡灌洗液中採樣還是從蝙蝠糞便中採樣?
鑒於 RaTG13與蝙蝠受體 ACE-2 的結合較弱,並且僅與Rhinolophus affinis的 ACE2 直向同源物之一結合,那麼 RaTG13 是否是 WIV 於 2013 年收集的樣本 BtCoV/4991 的真實全基因組序列?
WIV 或任何其他實驗室是否曾嘗試通過從合成基因序列組裝 RaTG13 或任何其他冠狀病毒來重建它們?
SARS-CoV-2 基因組的一個顯著特徵是弗林蛋白酶裂解位點的存在。該站點在您 2020 年 1 月的出版物中被標記為「裂解站點」 。
你承認分離了三株與 SARS 相關的活冠狀病毒,但根據其活病毒分離株的 WIV 命名約定,WIV 似乎沒有披露兩個潛在的分離株,WIV6(不是 WIV06)和WIV15,因為沒有提到這些名稱在文獻中。
中國當局表示,武漢實驗室的所有工作人員的 SARS-CoV-2 抗體檢測均呈陰性。
您之前寫道:「最近我們測試了實驗室所有教職工和學生的血清,沒有人感染蝙蝠 SARSr-CoV 或 SARS-CoV-2。迄今為止,我院全體教職工和學生「零感染」。鑒於當時 WIV 有超過 590 名教職員工和學生,並且大約 4.4% 的武漢城市人口檢測呈陽性,因此這種說法在統計上不太可能(大約不到十億分之一)。即使只檢測了 85 人,沒有檢測呈陽性的幾率仍然低於 4%。
最近,您發表了一份預印本,介紹了2020 年 11 月Nature's Addendum中提到的 8 種冠狀病毒。
預印本表明,包括 RaTG15 在內的這 8 種新型冠狀病毒構成了來自蝙蝠的 SARSr-CoV 的新譜系:「我們報告了對包括 RaTG15 和其他七種病毒在內的 SARSr-CoV 新譜系的鑒定,形成了蝙蝠」。這種識別究竟是什麼時候發生的?
您是否確認於平的 MS 論文「蝙蝠 SARS 相關冠狀病毒的地理進化」(2019 年 6 月)中系統發育樹(圖 3.1)中稱為「譜系 4」的譜系與8 種新型冠狀病毒?
預印本提到這 8 種病毒是在「我們在 2015 年發現 RaTG13 的同一地點」收集的。為什麼沒有提到 2012 年發生在同一地點的墨江礦爆發,這是了解您研究背景的重要信息?
預印本聲稱,與來自穿山甲的 SARSr-CoV-2 或某些 SARSr-CoV-1 譜系相比,蝙蝠 SARSr-CoV-2 譜系或迄今為止發現的新譜系中的任何已知病毒都沒有有效地使用人類 ACE2:「我們表明與來自穿山甲的 SARSr-CoV-2 或某些 SARSr-CoV-1 譜系病毒相比,蝙蝠 SARSr-CoV-2 譜系或迄今為止發現的新譜系中的任何已知病毒都沒有有效地使用人類 ACE2。」 為了支持這一說法,是否可以分享您所在研究所存在的未發表病毒的完整列表,以及與它們相關的原始數據和實驗記錄?
這 8 種新病毒是否仍保留在您的研究所中,處於什麼狀態,如果它們在物理上可用,是否可以提供給其他研究人員?
能否澄清一下預印本中使用的Bat Ra ACE2序列MT394204是否來自同一個墨江礦?
你怎麼解釋這八種病毒幾乎完全相同?您如何解釋每個序列在 7 次訪問中只發現一次?這不是和你在晉寧洞縱向研究中發現的「豐富的基因庫」相矛盾嗎?您是否重新測試了所有 1,322 個樣本?
你能提供8種病毒的原始測序數據嗎?
為什麼這 8 個病毒序列與之前提交給 NCBI Genbank 以發表 Latinne 等人的版本相比,其 RdRp 序列顯示出一些核苷酸變化?紙?你能解釋一下當時和現在採用的方法嗎?
這些病毒的命名有些混亂:在您實驗室的 2 個不同演示文稿的幻燈片中,它們被標記為 Ra 或 Rs。你能確認感染了這種病毒的蝙蝠種類嗎?RaTG15 是在一種蝙蝠物種中發現的,而極其接近的病毒來自另一種蝙蝠物種,這難道不令人驚訝嗎?基於 COI 序列的蝙蝠物種分配是否存在問題?
帶著我最誠摯的問候
維吉妮
2021 年 6 月 11 日
法國巴黎大學,雅克莫諾學院(Institut Jacques Monod - CNRS UMR7592 - Université de Paris )的基因進化研究專家Virginie Courtier。
此信英文版原文地址:
https://virginiecourtier.wordpress.com/e-mail-to-zls/